Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 PITPNA-AS1-201ENST00000425081 542 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 PRSS21-202ENST00000450020 1106 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 EIF4A3-201ENST00000269349 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ZNF503-201ENST00000372524 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 CLIC5-202ENST00000339561 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 YTHDF3-215ENST00000621957 2387 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 TCP1-203ENST00000420894 1671 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 NFE2L3-201ENST00000056233 3686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 BCRP2-201ENST00000398241 1842 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 HCLS1-202ENST00000428394 1560 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 GRAMD1A-211ENST00000599564 2825 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 AC092171.3-201ENST00000610122 2651 ntBASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 TLE2-204ENST00000455444 2253 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ST3GAL6-214ENST00000483910 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 NFIX-209ENST00000587760 1487 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 STOX1-204ENST00000399169 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIM2P55344 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 NUP50-203ENST00000407019 2059 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SEMA3B-213ENST00000618865 2925 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 CES3-203ENST00000543856 3178 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 REPS2-201ENST00000303843 7771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 CR381653.1-203ENST00000625153 577 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 GRIN2C-202ENST00000347612 2929 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 BCAN-202ENST00000361588 2563 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 APBA2-207ENST00000558402 4031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 PLXDC2-202ENST00000377242 2822 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIM2P55344 HS6ST2-204ENST00000521489 2607 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms