Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC20.68■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC20.66■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.9
CHD3Q12873 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CHD3Q12873 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC20.58■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
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