Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 OTX1-201ENST00000282549 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 OTX1-202ENST00000366671 2861 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 QRFPR-202ENST00000394427 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 TSSC2-204ENST00000529482 2337 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 VARS2-212ENST00000542001 4064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 SREK1-216ENST00000612404 2128 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 TMC5-202ENST00000381414 4755 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 SNAP91-205ENST00000439399 4452 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 AC063926.3-201ENST00000624734 5658 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 KCNJ12-201ENST00000331718 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 PPP1R16B-201ENST00000299824 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 CHTF18-220ENST00000631357 3555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 EFR3B-203ENST00000402191 3685 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 RAD23B-201ENST00000358015 4119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 LRRC57-204ENST00000563454 2407 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 EGFEM1P-202ENST00000431685 1563 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 RUSC1-205ENST00000368354 3114 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 LITAF-202ENST00000381810 1527 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 TCP11L2-201ENST00000299045 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 PLEKHN1-201ENST00000379407 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 LMNB1-201ENST00000261366 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 AC104640.1-201ENST00000562617 2109 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 ATP2A3-205ENST00000397041 4675 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 PHKA1-202ENST00000373539 4476 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 GHDC-207ENST00000587427 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 DNAJC10-210ENST00000616986 5783 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 DMRTC2-204ENST00000596827 1675 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 DDX1-201ENST00000233084 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 KLHL36-204ENST00000564996 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 WTAP-205ENST00000614346 1623 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 CCDC187-205ENST00000638797 10126 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 EHD3-201ENST00000322054 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 ITGA7-202ENST00000347027 4084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 CDC25C-207ENST00000513970 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 MARCH4-201ENST00000273067 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 ARID4B-202ENST00000349213 5811 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 SERF2-203ENST00000381359 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 CPEB2-201ENST00000259997 5612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 PLAGL1-206ENST00000416623 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 MYCBPAP-201ENST00000323776 3186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 EPS8L2-231ENST00000614442 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 AC092364.2-201ENST00000596710 2692 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 DKC1-213ENST00000620277 3079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms