Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

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Length 833 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 HDAC5-201ENST00000225983 5326 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 ACTG1-208ENST00000575087 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 PRODH-202ENST00000334029 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 LINC02228-204ENST00000642115 2962 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 MBD1-222ENST00000590208 2913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 CTCF-201ENST00000264010 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 LINC00487-201ENST00000382045 2131 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 CASK-202ENST00000378158 3848 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 GRIK5-204ENST00000593562 3308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 HYAL1-201ENST00000266031 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 AC097376.2-201ENST00000608661 2510 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 USP43-201ENST00000285199 4169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 PITPNA-201ENST00000313486 3912 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 MTFR2-203ENST00000420702 1793 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 DUSP18-201ENST00000334679 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 KLHDC8A-201ENST00000367155 2928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 AIFM2-201ENST00000307864 3243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 MCF2L2-208ENST00000473233 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 SLC46A2-201ENST00000374228 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 KIF18B-204ENST00000593135 2745 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 SPAG9-205ENST00000505279 4659 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 AC007728.2-201ENST00000563315 2296 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 CRAMP1-202ENST00000397412 7772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 RB1CC1-201ENST00000025008 6635 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 RUFY2-205ENST00000454950 2613 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 RFWD2-204ENST00000367669 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 MMP25-201ENST00000336577 3554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 ZFPM2-201ENST00000407775 4700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 NBL1-211ENST00000618761 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 ELFN1-201ENST00000424383 3845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 TBX5-203ENST00000405440 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 MFF-201ENST00000304593 2004 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 AC012313.3-202ENST00000599109 3322 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 MARCH4-201ENST00000273067 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 RGS6-210ENST00000553530 5685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 STBD1-201ENST00000237642 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 ZC3H12A-201ENST00000373087 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
IFT88Q13099 KANK1-204ENST00000382293 5249 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
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