Protein–RNA interactions for Protein: P58304

VSX2, Visual system homeobox 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 361 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VSX2P58304 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VSX2P58304 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
VSX2P58304 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
VSX2P58304 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VSX2P58304 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VSX2P58304 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VSX2P58304 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VSX2P58304 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VSX2P58304 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VSX2P58304 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VSX2P58304 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VSX2P58304 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
VSX2P58304 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VSX2P58304 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VSX2P58304 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VSX2P58304 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
VSX2P58304 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VSX2P58304 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VSX2P58304 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VSX2P58304 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VSX2P58304 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VSX2P58304 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VSX2P58304 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VSX2P58304 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VSX2P58304 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VSX2P58304 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VSX2P58304 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VSX2P58304 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VSX2P58304 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
VSX2P58304 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
VSX2P58304 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VSX2P58304 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VSX2P58304 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VSX2P58304 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VSX2P58304 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VSX2P58304 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VSX2P58304 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VSX2P58304 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VSX2P58304 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VSX2P58304 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VSX2P58304 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VSX2P58304 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VSX2P58304 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
VSX2P58304 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VSX2P58304 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VSX2P58304 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VSX2P58304 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VSX2P58304 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VSX2P58304 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VSX2P58304 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VSX2P58304 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VSX2P58304 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
VSX2P58304 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VSX2P58304 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VSX2P58304 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VSX2P58304 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VSX2P58304 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VSX2P58304 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VSX2P58304 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VSX2P58304 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VSX2P58304 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VSX2P58304 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VSX2P58304 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VSX2P58304 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VSX2P58304 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VSX2P58304 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VSX2P58304 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VSX2P58304 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VSX2P58304 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VSX2P58304 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VSX2P58304 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VSX2P58304 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VSX2P58304 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VSX2P58304 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VSX2P58304 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VSX2P58304 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VSX2P58304 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VSX2P58304 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VSX2P58304 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VSX2P58304 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VSX2P58304 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VSX2P58304 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VSX2P58304 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VSX2P58304 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VSX2P58304 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VSX2P58304 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VSX2P58304 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VSX2P58304 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VSX2P58304 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VSX2P58304 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VSX2P58304 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VSX2P58304 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VSX2P58304 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VSX2P58304 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VSX2P58304 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VSX2P58304 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VSX2P58304 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VSX2P58304 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VSX2P58304 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VSX2P58304 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 85.8 ms