Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 APBA2-207ENST00000558402 4031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 AKAP12-201ENST00000253332 6597 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 ARL5B-201ENST00000377275 7196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 SFXN1-201ENST00000321442 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 SLC17A9-201ENST00000370349 2594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 PLEKHA8-205ENST00000449726 7835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 AC022188.1-201ENST00000620960 1664 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 MSI2-201ENST00000284073 6364 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 NBEAL2-205ENST00000450053 8827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 ITPR3-201ENST00000374316 9870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 SLIT3-201ENST00000332966 4895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 SLC35E2B-204ENST00000614300 2156 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 GLDC-201ENST00000321612 3900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 AC092718.8-201ENST00000640345 2892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 SLC25A27-201ENST00000371347 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 ARL4C-202ENST00000390645 4013 ntAPPRIS P1 BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 ELMSAN1-201ENST00000286523 8091 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 ZNF687-201ENST00000324048 5378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 CDC14A-202ENST00000361544 2417 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 PPAN-P2RY11-202ENST00000428358 2661 ntTSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 ITGB2-206ENST00000397852 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 TNIP1-202ENST00000389378 2935 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 NF2-209ENST00000403999 2999 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 ATP2B1-AS1-201ENST00000605386 3632 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 RRM2-202ENST00000360566 3673 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 ADRA2A-201ENST00000280155 3745 ntAPPRIS P1 BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 ZNF134-201ENST00000396161 4914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 VANGL2-201ENST00000368061 5340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 PCDHA6-203ENST00000529310 5374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 DISC1-209ENST00000439617 7059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 SLITRK2-202ENST00000370490 7672 ntAPPRIS P1 BASIC14.54□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 JRK-210ENST00000614134 8932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 GLG1-201ENST00000205061 8261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 ITGBL1-207ENST00000622834 2369 ntTSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 TCP10-201ENST00000366827 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 DRC3-201ENST00000313838 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC14.53□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 RWDD1-202ENST00000466444 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 EIF2B4-212ENST00000622434 1771 ntTSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC14.53□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 CTCF-201ENST00000264010 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
HOXA1P49639 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms