Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
HOXA1P49639 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC27.75■■■□□ 2.03
HOXA1P49639 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC27.25■■□□□ 1.95
HOXA1P49639 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
HOXA1P49639 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
HOXA1P49639 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
HOXA1P49639 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXA1P49639 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
HOXA1P49639 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
HOXA1P49639 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
HOXA1P49639 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
HOXA1P49639 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
HOXA1P49639 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
HOXA1P49639 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
HOXA1P49639 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
HOXA1P49639 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
HOXA1P49639 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
HOXA1P49639 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HOXA1P49639 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
HOXA1P49639 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
HOXA1P49639 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.68
HOXA1P49639 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXA1P49639 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXA1P49639 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXA1P49639 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXA1P49639 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXA1P49639 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
HOXA1P49639 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
HOXA1P49639 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXA1P49639 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXA1P49639 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXA1P49639 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXA1P49639 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXA1P49639 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXA1P49639 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXA1P49639 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
HOXA1P49639 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
HOXA1P49639 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXA1P49639 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXA1P49639 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXA1P49639 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXA1P49639 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
HOXA1P49639 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXA1P49639 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXA1P49639 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXA1P49639 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXA1P49639 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
HOXA1P49639 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
HOXA1P49639 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
HOXA1P49639 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
HOXA1P49639 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
HOXA1P49639 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
HOXA1P49639 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXA1P49639 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXA1P49639 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXA1P49639 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC24.33■■□□□ 1.48
HOXA1P49639 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXA1P49639 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXA1P49639 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXA1P49639 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXA1P49639 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXA1P49639 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HOXA1P49639 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HOXA1P49639 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HOXA1P49639 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXA1P49639 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXA1P49639 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HOXA1P49639 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXA1P49639 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HOXA1P49639 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HOXA1P49639 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HOXA1P49639 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXA1P49639 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
HOXA1P49639 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXA1P49639 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXA1P49639 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXA1P49639 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXA1P49639 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXA1P49639 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HOXA1P49639 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXA1P49639 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXA1P49639 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXA1P49639 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HOXA1P49639 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HOXA1P49639 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
HOXA1P49639 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
HOXA1P49639 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
HOXA1P49639 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
HOXA1P49639 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
HOXA1P49639 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
HOXA1P49639 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
HOXA1P49639 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
HOXA1P49639 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
HOXA1P49639 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXA1P49639 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXA1P49639 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXA1P49639 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXA1P49639 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXA1P49639 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXA1P49639 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.5 ms