Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS28Q9UK41 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS28Q9UK41 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS28Q9UK41 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms