Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.41■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC29.39■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC29.39■■■□□ 2.3
VPS53Q5VIR6 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
VPS53Q5VIR6 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
VPS53Q5VIR6 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
VPS53Q5VIR6 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
VPS53Q5VIR6 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC29.37■■■□□ 2.29
VPS53Q5VIR6 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
VPS53Q5VIR6 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
VPS53Q5VIR6 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
VPS53Q5VIR6 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
VPS53Q5VIR6 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
VPS53Q5VIR6 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
VPS53Q5VIR6 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC29.36■■■□□ 2.29
VPS53Q5VIR6 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
VPS53Q5VIR6 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
VPS53Q5VIR6 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
VPS53Q5VIR6 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
VPS53Q5VIR6 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
VPS53Q5VIR6 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
VPS53Q5VIR6 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
VPS53Q5VIR6 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
VPS53Q5VIR6 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC29.33■■■□□ 2.29
VPS53Q5VIR6 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
VPS53Q5VIR6 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
VPS53Q5VIR6 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
VPS53Q5VIR6 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
VPS53Q5VIR6 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC29.32■■■□□ 2.28
VPS53Q5VIR6 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
VPS53Q5VIR6 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
VPS53Q5VIR6 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
VPS53Q5VIR6 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
VPS53Q5VIR6 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
VPS53Q5VIR6 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
VPS53Q5VIR6 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
VPS53Q5VIR6 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
VPS53Q5VIR6 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
VPS53Q5VIR6 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
VPS53Q5VIR6 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
VPS53Q5VIR6 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
VPS53Q5VIR6 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
VPS53Q5VIR6 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
VPS53Q5VIR6 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.27■■■□□ 2.28
VPS53Q5VIR6 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
VPS53Q5VIR6 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
VPS53Q5VIR6 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
VPS53Q5VIR6 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.28
VPS53Q5VIR6 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.28
VPS53Q5VIR6 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC29.26■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC29.24■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC29.23■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC29.2■■■□□ 2.27
VPS53Q5VIR6 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC29.19■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.2 ms