Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CTCFP49711 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CTCFP49711 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CTCFP49711 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CTCFP49711 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CTCFP49711 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CTCFP49711 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CTCFP49711 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
CTCFP49711 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CTCFP49711 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
CTCFP49711 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CTCFP49711 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CTCFP49711 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
CTCFP49711 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
CTCFP49711 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
CTCFP49711 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
CTCFP49711 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
CTCFP49711 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
CTCFP49711 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CTCFP49711 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CTCFP49711 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
CTCFP49711 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CTCFP49711 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CTCFP49711 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CTCFP49711 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
CTCFP49711 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CTCFP49711 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CTCFP49711 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
CTCFP49711 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
CTCFP49711 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
CTCFP49711 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
CTCFP49711 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CTCFP49711 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
CTCFP49711 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
CTCFP49711 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
CTCFP49711 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
CTCFP49711 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CTCFP49711 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CTCFP49711 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CTCFP49711 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CTCFP49711 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
CTCFP49711 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
CTCFP49711 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CTCFP49711 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CTCFP49711 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CTCFP49711 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CTCFP49711 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CTCFP49711 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
CTCFP49711 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CTCFP49711 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
CTCFP49711 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CTCFP49711 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CTCFP49711 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC28.62■■■□□ 2.17
CTCFP49711 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
CTCFP49711 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CTCFP49711 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CTCFP49711 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CTCFP49711 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
CTCFP49711 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CTCFP49711 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CTCFP49711 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CTCFP49711 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CTCFP49711 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
CTCFP49711 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CTCFP49711 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CTCFP49711 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CTCFP49711 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CTCFP49711 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CTCFP49711 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CTCFP49711 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CTCFP49711 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CTCFP49711 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CTCFP49711 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CTCFP49711 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CTCFP49711 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
CTCFP49711 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
CTCFP49711 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CTCFP49711 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CTCFP49711 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
CTCFP49711 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CTCFP49711 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CTCFP49711 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CTCFP49711 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
CTCFP49711 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CTCFP49711 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CTCFP49711 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CTCFP49711 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CTCFP49711 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
CTCFP49711 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
CTCFP49711 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CTCFP49711 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CTCFP49711 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC28.54■■■□□ 2.16
CTCFP49711 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CTCFP49711 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
CTCFP49711 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CTCFP49711 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CTCFP49711 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CTCFP49711 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
CTCFP49711 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CTCFP49711 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.5 ms