RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000613899.4

FAM228B-208, Transcript of family with sequence similarity 228 member B, human

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene FAM228B, Length 1,238 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
FAM228B-208	ENST00000613899	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		56.35	■■■■■ 6.61
FAM228B-208	ENST00000613899	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		50.47	■■■■■ 5.67
FAM228B-208	ENST00000613899	ABCC9	O60706	1549 aa		49.89	■■■■■ 5.58
FAM228B-208	ENST00000613899	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		47.79	■■■■■ 5.24
FAM228B-208	ENST00000613899	NACAD	O15069	1562 aa		47.57	■■■■■ 5.21
FAM228B-208	ENST00000613899	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		47.23	■■■■■ 5.15
FAM228B-208	ENST00000613899	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		47.09	■■■■■ 5.13
FAM228B-208	ENST00000613899	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	46.82	■■■■■ 5.09
FAM228B-208	ENST00000613899	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		46.7	■■■■■ 5.07
FAM228B-208	ENST00000613899	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		46.64	■■■■■ 5.06
FAM228B-208	ENST00000613899	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	46.44	■■■■■ 5.02
FAM228B-208	ENST00000613899	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		46.31	■■■■■ 5
FAM228B-208	ENST00000613899	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		46.26	■■■■■ 5
FAM228B-208	ENST00000613899	SCRIB	Q14160	1630 aa		45.94	■■■■■ 4.94
FAM228B-208	ENST00000613899	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		45.87	■■■■■ 4.93
FAM228B-208	ENST00000613899	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	45.17	■■■■■ 4.82
FAM228B-208	ENST00000613899	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		45.14	■■■■■ 4.82
FAM228B-208	ENST00000613899	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		44.92	■■■■■ 4.78
FAM228B-208	ENST00000613899	SMARCA4	P51532	1647 aa		43.89	■■■■■ 4.62
FAM228B-208	ENST00000613899	NCAPD3	P42695	1498 aa		43.85	■■■■■ 4.61
FAM228B-208	ENST00000613899	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		43.77	■■■■■ 4.6
FAM228B-208	ENST00000613899	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	43.76	■■■■■ 4.6
FAM228B-208	ENST00000613899	SMARCA2	P51531	1590 aa		43.75	■■■■■ 4.59
FAM228B-208	ENST00000613899	HMGXB3	Q12766	1538 aa		43.64	■■■■■ 4.58
FAM228B-208	ENST00000613899	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		43.49	■■■■■ 4.55
FAM228B-208	ENST00000613899	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	43.42	■■■■■ 4.54
FAM228B-208	ENST00000613899	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		43.39	■■■■■ 4.54
FAM228B-208	ENST00000613899	ERCC6	Q03468	1493 aa		43.1	■■■■■ 4.49
FAM228B-208	ENST00000613899	NES	P48681	1621 aa		42.97	■■■■■ 4.47
FAM228B-208	ENST00000613899	WIZ	O95785	1651 aa		42.92	■■■■■ 4.46
FAM228B-208	ENST00000613899	CUX2	O14529	1486 aa		42.9	■■■■■ 4.46
FAM228B-208	ENST00000613899	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		42.86	■■■■■ 4.45
FAM228B-208	ENST00000613899	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	42.65	■■■■■ 4.42
FAM228B-208	ENST00000613899	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		42.55	■■■■■ 4.4
FAM228B-208	ENST00000613899	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	42.54	■■■■■ 4.4
FAM228B-208	ENST00000613899	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		42.52	■■■■■ 4.4
FAM228B-208	ENST00000613899	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		42.52	■■■■■ 4.4
FAM228B-208	ENST00000613899	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	42.46	■■■■■ 4.39
FAM228B-208	ENST00000613899	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		42.23	■■■■■ 4.35
FAM228B-208	ENST00000613899	CFTR	P13569	1480 aa		42.17	■■■■■ 4.34
FAM228B-208	ENST00000613899	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		42.17	■■■■■ 4.34
FAM228B-208	ENST00000613899	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		42.11	■■■■■ 4.33
FAM228B-208	ENST00000613899	WDR62	O43379	1518 aa		42.07	■■■■■ 4.33
FAM228B-208	ENST00000613899	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		42.06	■■■■■ 4.32
FAM228B-208	ENST00000613899	PRDM2	Q13029	1718 aa		41.9	■■■■■ 4.3
FAM228B-208	ENST00000613899	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		41.89	■■■■■ 4.3
FAM228B-208	ENST00000613899	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	41.67	■■■■■ 4.26
FAM228B-208	ENST00000613899	TOPBP1	Q92547	1522 aa		41.32	■■■■■ 4.2
FAM228B-208	ENST00000613899	ABCC8	Q09428	1581 aa		41.31	■■■■■ 4.2
FAM228B-208	ENST00000613899	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		41.25	■■■■■ 4.19
FAM228B-208	ENST00000613899	IFT140	Q96RY7	1462 aa		41.24	■■■■■ 4.19
FAM228B-208	ENST00000613899	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	41.06	■■■■■ 4.16
FAM228B-208	ENST00000613899	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	41.02	■■■■■ 4.16
FAM228B-208	ENST00000613899	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	40.95	■■■■■ 4.15
FAM228B-208	ENST00000613899	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	40.93	■■■■■ 4.14
FAM228B-208	ENST00000613899	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	40.93	■■■■■ 4.14
FAM228B-208	ENST00000613899	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		40.92	■■■■■ 4.14
FAM228B-208	ENST00000613899	CUX1	P39880	1505 aa		40.76	■■■■■ 4.12
FAM228B-208	ENST00000613899	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	40.73	■■■■■ 4.11
FAM228B-208	ENST00000613899	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		40.73	■■■■■ 4.11
FAM228B-208	ENST00000613899	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		40.71	■■■■■ 4.11
FAM228B-208	ENST00000613899	SOGA1	O94964	1423 aa		40.71	■■■■■ 4.11
FAM228B-208	ENST00000613899	WDR97	A6NE52	1622 aa		40.65	■■■■■ 4.1
FAM228B-208	ENST00000613899	CHD1	O14646	1710 aa		40.56	■■■■■ 4.08
FAM228B-208	ENST00000613899	TRIM41	Q8WV44	630 aa		40.55	■■■■■ 4.08
FAM228B-208	ENST00000613899	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	40.54	■■■■■ 4.08
FAM228B-208	ENST00000613899	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		40.4	■■■■■ 4.06
FAM228B-208	ENST00000613899	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		40.4	■■■■■ 4.06
FAM228B-208	ENST00000613899	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		40.4	■■■■■ 4.06
FAM228B-208	ENST00000613899	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		40.39	■■■■■ 4.06
FAM228B-208	ENST00000613899	GRIN2B	Q13224	1484 aa		40.36	■■■■■ 4.05
FAM228B-208	ENST00000613899	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	40.35	■■■■■ 4.05
FAM228B-208	ENST00000613899	FBLN2	P98095	1184 aa		40.35	■■■■■ 4.05
FAM228B-208	ENST00000613899	ARHGEF11	O15085	1522 aa		40.32	■■■■■ 4.05
FAM228B-208	ENST00000613899	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		40.32	■■■■■ 4.05
FAM228B-208	ENST00000613899	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		40.3	■■■■■ 4.04
FAM228B-208	ENST00000613899	PBRM1	Q86U86	1689 aa		40.28	■■■■■ 4.04
FAM228B-208	ENST00000613899	TOP2B	Q02880	1626 aa		40.28	■■■■■ 4.04
FAM228B-208	ENST00000613899	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	40.27	■■■■■ 4.04
FAM228B-208	ENST00000613899	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		40.26	■■■■■ 4.04
FAM228B-208	ENST00000613899	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		40.24	■■■■■ 4.03
FAM228B-208	ENST00000613899	SYNJ1	O43426	1573 aa		40.21	■■■■■ 4.03
FAM228B-208	ENST00000613899	SYNJ2	O15056	1496 aa		40.18	■■■■■ 4.02
FAM228B-208	ENST00000613899	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	40.16	■■■■■ 4.02
FAM228B-208	ENST00000613899	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		40.08	■■■■■ 4.01
FAM228B-208	ENST00000613899	ARAP1	Q96P48	1450 aa		39.94	■■■■□ 3.98
FAM228B-208	ENST00000613899	ADAMTS12	P58397	1594 aa		39.92	■■■■□ 3.98
FAM228B-208	ENST00000613899	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		39.89	■■■■□ 3.98
FAM228B-208	ENST00000613899	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		39.85	■■■■□ 3.97
FAM228B-208	ENST00000613899	GRIN2A	Q12879	1464 aa		39.84	■■■■□ 3.97
FAM228B-208	ENST00000613899	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		39.78	■■■■□ 3.96
FAM228B-208	ENST00000613899	NUP160	Q12769	1436 aa		39.68	■■■■□ 3.94
FAM228B-208	ENST00000613899	CEP170	Q5SW79	1584 aa		39.67	■■■■□ 3.94
FAM228B-208	ENST00000613899	SHROOM2	Q13796	1616 aa		39.49	■■■■□ 3.91
FAM228B-208	ENST00000613899	KIF27	Q86VH2	1401 aa		39.48	■■■■□ 3.91
FAM228B-208	ENST00000613899	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		39.42	■■■■□ 3.9
FAM228B-208	ENST00000613899	CUL7	Q14999	1698 aa		39.4	■■■■□ 3.9
FAM228B-208	ENST00000613899	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		39.35	■■■■□ 3.89
FAM228B-208	ENST00000613899	IGF1R	P08069	1367 aa		39.33	■■■■□ 3.89
FAM228B-208	ENST00000613899	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	39.33	■■■■□ 3.89

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 15 ms