Protein–RNA interactions for Protein: P09429

HMGB1, High mobility group protein B1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 215 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGB1P09429 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
HMGB1P09429 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC29■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC28.98■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC28.95■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC28.95■■■□□ 2.23
HMGB1P09429 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
HMGB1P09429 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
HMGB1P09429 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
HMGB1P09429 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
HMGB1P09429 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
HMGB1P09429 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
HMGB1P09429 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
HMGB1P09429 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
HMGB1P09429 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
HMGB1P09429 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
HMGB1P09429 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
HMGB1P09429 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
HMGB1P09429 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
HMGB1P09429 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
HMGB1P09429 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
HMGB1P09429 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
HMGB1P09429 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
HMGB1P09429 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
HMGB1P09429 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
HMGB1P09429 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms