Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
VAMP4O75379 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
VAMP4O75379 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
VAMP4O75379 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
VAMP4O75379 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC31.7■■■□□ 2.66
VAMP4O75379 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC31.69■■■□□ 2.66
VAMP4O75379 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC31.69■■■□□ 2.66
VAMP4O75379 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.69■■■□□ 2.66
VAMP4O75379 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC31.68■■■□□ 2.66
VAMP4O75379 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
VAMP4O75379 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
VAMP4O75379 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
VAMP4O75379 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC31.67■■■□□ 2.66
VAMP4O75379 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
VAMP4O75379 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC31.67■■■□□ 2.66
VAMP4O75379 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
VAMP4O75379 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
VAMP4O75379 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC31.66■■■□□ 2.66
VAMP4O75379 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC31.66■■■□□ 2.66
VAMP4O75379 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC31.65■■■□□ 2.66
VAMP4O75379 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC31.65■■■□□ 2.66
VAMP4O75379 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC31.65■■■□□ 2.66
VAMP4O75379 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
VAMP4O75379 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC31.64■■■□□ 2.66
VAMP4O75379 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
VAMP4O75379 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
VAMP4O75379 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
VAMP4O75379 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC31.63■■■□□ 2.65
VAMP4O75379 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
VAMP4O75379 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
VAMP4O75379 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC31.62■■■□□ 2.65
VAMP4O75379 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC31.62■■■□□ 2.65
VAMP4O75379 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
VAMP4O75379 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.65
VAMP4O75379 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.61■■■□□ 2.65
VAMP4O75379 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC31.61■■■□□ 2.65
VAMP4O75379 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
VAMP4O75379 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC31.6■■■□□ 2.65
VAMP4O75379 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
VAMP4O75379 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
VAMP4O75379 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC31.59■■■□□ 2.65
VAMP4O75379 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
VAMP4O75379 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC31.59■■■□□ 2.65
VAMP4O75379 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
VAMP4O75379 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
VAMP4O75379 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC31.58■■■□□ 2.65
VAMP4O75379 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
VAMP4O75379 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
VAMP4O75379 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
VAMP4O75379 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC31.57■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.57■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.57■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC31.56■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.56■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC31.55■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC31.55■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC31.55■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC31.55■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC31.54■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC31.53■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC31.53■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.52■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.52■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC31.51■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC31.51■■■□□ 2.64
VAMP4O75379 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
VAMP4O75379 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
VAMP4O75379 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
VAMP4O75379 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.49■■■□□ 2.63
VAMP4O75379 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC31.49■■■□□ 2.63
VAMP4O75379 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
VAMP4O75379 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
VAMP4O75379 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC31.48■■■□□ 2.63
VAMP4O75379 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC31.47■■■□□ 2.63
VAMP4O75379 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC31.47■■■□□ 2.63
VAMP4O75379 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC31.47■■■□□ 2.63
VAMP4O75379 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.47■■■□□ 2.63
VAMP4O75379 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.47■■■□□ 2.63
VAMP4O75379 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
VAMP4O75379 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
VAMP4O75379 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC31.46■■■□□ 2.63
VAMP4O75379 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC31.46■■■□□ 2.63
VAMP4O75379 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.45■■■□□ 2.63
VAMP4O75379 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.45■■■□□ 2.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms