Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN3AQ9NY46 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN3AQ9NY46 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
SCN3AQ9NY46 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SCN3AQ9NY46 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12 ms