Protein–RNA interactions for Protein: Q92889

ERCC4, DNA repair endonuclease XPF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 916 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ERCC4Q92889 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
ERCC4Q92889 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
ERCC4Q92889 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
ERCC4Q92889 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
ERCC4Q92889 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
ERCC4Q92889 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
ERCC4Q92889 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
ERCC4Q92889 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
ERCC4Q92889 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
ERCC4Q92889 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
ERCC4Q92889 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
ERCC4Q92889 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
ERCC4Q92889 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
ERCC4Q92889 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
ERCC4Q92889 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
ERCC4Q92889 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
ERCC4Q92889 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
ERCC4Q92889 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
ERCC4Q92889 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
ERCC4Q92889 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
ERCC4Q92889 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
ERCC4Q92889 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
ERCC4Q92889 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
ERCC4Q92889 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
ERCC4Q92889 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC27.8■■■□□ 2.04
ERCC4Q92889 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
ERCC4Q92889 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
ERCC4Q92889 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
ERCC4Q92889 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
ERCC4Q92889 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
ERCC4Q92889 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
ERCC4Q92889 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
ERCC4Q92889 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
ERCC4Q92889 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
ERCC4Q92889 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
ERCC4Q92889 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC27.77■■■□□ 2.04
ERCC4Q92889 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
ERCC4Q92889 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
ERCC4Q92889 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC27.74■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
ERCC4Q92889 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC27.67■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC27.67■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
ERCC4Q92889 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms