Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS4AQ9UN37 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS4AQ9UN37 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS4AQ9UN37 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS4AQ9UN37 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms