Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL4

USP43, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 43, humanhuman

Predictions only

Length 1,123 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP43Q70EL4 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP43Q70EL4 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP43Q70EL4 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP43Q70EL4 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP43Q70EL4 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP43Q70EL4 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP43Q70EL4 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP43Q70EL4 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP43Q70EL4 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
USP43Q70EL4 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP43Q70EL4 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP43Q70EL4 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP43Q70EL4 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP43Q70EL4 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP43Q70EL4 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP43Q70EL4 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP43Q70EL4 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP43Q70EL4 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP43Q70EL4 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP43Q70EL4 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP43Q70EL4 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
USP43Q70EL4 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP43Q70EL4 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP43Q70EL4 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP43Q70EL4 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP43Q70EL4 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP43Q70EL4 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP43Q70EL4 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
USP43Q70EL4 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP43Q70EL4 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP43Q70EL4 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP43Q70EL4 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP43Q70EL4 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
USP43Q70EL4 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP43Q70EL4 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 110.3 ms