Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC18.31■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
COL7A1Q02388 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
COL7A1Q02388 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC18.17■□□□□ 0.5
COL7A1Q02388 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74 ms