Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA1P49639 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC20.3■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC20.28■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
HOXA1P49639 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXA1P49639 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 124 ms