RNA–Protein interactions for RNA: YMR304W

UBP15, Transcript of Ubiquitin-specific protease involved in protein deubiquitination, yeast

Gene UBP15, Length 3,693 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
UBP15	YMR304W	NOG2	P53742	486 aa	Known RBP	2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	RPS15	Q01855	142 aa	Known RBP	2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	NUP100	Q02629	959 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	YMR099C	Q03161	297 aa	Known RBP	2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	SCS7	Q03529	384 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	YMR027W	Q04371	470 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	NAT4	Q04751	285 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	INM2	Q05533	292 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	MRPL35	Q06678	367 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	ALG6	Q12001	544 aa	Known RBP	2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	UPC2	Q12151	913 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	YOR342C	Q12182	319 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	YPR071W	Q12346	211 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	SEC53	P07283	254 aa	Known RBP	2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	ERR1	P0CX10	437 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	ERR2	P0CX11	437 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	PUB1	P32588	453 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.26	□□□□□ -2.05	RIP-Chip
UBP15	YMR304W	SWM2	P40342	146 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	LRO1	P40345	661 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	YJL218W	P40892	196 aa	Known RBP	2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	SMK1	P41808	388 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	THI6	P41835	540 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	DPB11	P47027	764 aa	Predicted RBP	2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	IRC18	P47056	224 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	YGL108C	P53139	140 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	POP6	P53218	158 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	SLG1	P54867	378 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	YDR514C	Q04408	483 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	YDL057W	Q07379	328 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	LDB18	Q07887	179 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	YPL245W	Q12179	454 aa	Known RBP	2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	TFC7	Q12415	435 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	PPR1	P07272	904 aa	Predicted RBP	2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	NHP6B	P11633	99 aa	Known RBP	2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	REC107	P21651	314 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	PET18	P25362	215 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	HEM12	P32347	362 aa	Predicted RBP	2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	SUR1	P33300	382 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	YKL162C	P36052	402 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	VHC1	P38329	1120 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	YHR033W	P38690	423 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	DIA4	P38705	446 aa	Predicted RBP	2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	FET3	P38993	636 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	CCT2	P39076	527 aa	Known RBP	2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	SEC72	P39742	193 aa	Known RBP	2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	LCP5	P40079	357 aa	Predicted RBP	2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	HXT16	P47185	567 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	COQ5	P49017	307 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	ORC5	P50874	479 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	SGF73	P53165	657 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	NRK1	P53915	240 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	HXT15	P54854	567 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	TGL2	P54857	326 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	ODC1	Q03028	310 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	FIN1	Q03898	291 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	YHM2	Q04013	314 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	ATG31	Q12421	196 aa		2.26	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	TPK3	P05986	398 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	QCR2	P07257	368 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	PHO4	P07270	312 aa	Known RBP	2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	SRV2	P17555	526 aa	Known RBP	2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	GLN3	P18494	730 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	MTR2	P34232	184 aa	Known RBP	2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	SRP102	P36057	244 aa	Predicted RBP	2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	PHD1	P36093	366 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	SHM2	P37291	469 aa	Known RBP	2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	SIF2	P38262	535 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	MRX5	P47007	382 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	YJR012C	P47087	207 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	YDL183C	P48569	320 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	AVT4	P50944	713 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	SCS3	P53012	380 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	YGR127W	P53275	312 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	RSM27	P53305	110 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	IGO1	P53897	168 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	NPL3	Q01560	414 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.25	□□□□□ -2.05	not detected
UBP15	YMR304W	SLU7	Q02775	382 aa	Known RBP	2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	BUD22	Q04347	519 aa	Known RBP	2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	PEX12	Q04370	399 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	ARG7	Q04728	441 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	ECI1	Q05871	280 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	SHS1	Q07657	551 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	PER33	Q12144	273 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	MF(ALPHA)1	P01149	165 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	RAD7	P06779	565 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	PHO2	P07269	559 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	ATP5	P09457	212 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	SEC12	P11655	471 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	RPB8	P20436	146 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	ERG1	P32476	496 aa	Known RBP	2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	HBS1	P32769	611 aa	Known RBP	2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	TRS65	P32893	560 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	IKI1	P38874	309 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	ECM10	P39987	644 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	RPL10	P41805	221 aa	Known RBP	2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	GUF1	P46943	645 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	SIP4	P46954	829 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	SPT20	P50875	604 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	MDM34	P53083	459 aa		2.25	□□□□□ -2.05
UBP15	YMR304W	PUS2	P53167	370 aa		2.25	□□□□□ -2.05

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