Protein–RNA interactions for Protein: Q9P232

CNTN3, Contactin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CNTN3Q9P232 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC37.29■■■■□ 3.56
CNTN3Q9P232 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
CNTN3Q9P232 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
CNTN3Q9P232 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC36.16■■■■□ 3.38
CNTN3Q9P232 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.13■■■■□ 3.37
CNTN3Q9P232 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
CNTN3Q9P232 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC36.05■■■■□ 3.36
CNTN3Q9P232 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.49■■■■□ 3.27
CNTN3Q9P232 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC35.3■■■■□ 3.24
CNTN3Q9P232 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.12■■■■□ 3.21
CNTN3Q9P232 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC34.99■■■■□ 3.19
CNTN3Q9P232 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.82■■■■□ 3.16
CNTN3Q9P232 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC34.72■■■■□ 3.15
CNTN3Q9P232 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC34.71■■■■□ 3.15
CNTN3Q9P232 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.7■■■■□ 3.15
CNTN3Q9P232 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC34.56■■■■□ 3.12
CNTN3Q9P232 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
CNTN3Q9P232 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC34.45■■■■□ 3.11
CNTN3Q9P232 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
CNTN3Q9P232 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC34.38■■■■□ 3.09
CNTN3Q9P232 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.18■■■■□ 3.06
CNTN3Q9P232 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
CNTN3Q9P232 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
CNTN3Q9P232 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
CNTN3Q9P232 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
CNTN3Q9P232 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
CNTN3Q9P232 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
CNTN3Q9P232 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
CNTN3Q9P232 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.96
CNTN3Q9P232 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
CNTN3Q9P232 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
CNTN3Q9P232 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC33.43■■■□□ 2.94
CNTN3Q9P232 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC33.32■■■□□ 2.92
CNTN3Q9P232 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC33.26■■■□□ 2.91
CNTN3Q9P232 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.24■■■□□ 2.91
CNTN3Q9P232 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
CNTN3Q9P232 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC33.14■■■□□ 2.9
CNTN3Q9P232 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CNTN3Q9P232 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.1■■■□□ 2.89
CNTN3Q9P232 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC33.07■■■□□ 2.88
CNTN3Q9P232 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC32.94■■■□□ 2.86
CNTN3Q9P232 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
CNTN3Q9P232 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
CNTN3Q9P232 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
CNTN3Q9P232 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.83■■■□□ 2.85
CNTN3Q9P232 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.8■■■□□ 2.84
CNTN3Q9P232 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.79■■■□□ 2.84
CNTN3Q9P232 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.83
CNTN3Q9P232 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC32.74■■■□□ 2.83
CNTN3Q9P232 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC32.73■■■□□ 2.83
CNTN3Q9P232 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC32.69■■■□□ 2.82
CNTN3Q9P232 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC32.64■■■□□ 2.82
CNTN3Q9P232 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC32.52■■■□□ 2.8
CNTN3Q9P232 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.8
CNTN3Q9P232 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.51■■■□□ 2.79
CNTN3Q9P232 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC32.5■■■□□ 2.79
CNTN3Q9P232 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.43■■■□□ 2.78
CNTN3Q9P232 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC32.4■■■□□ 2.78
CNTN3Q9P232 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
CNTN3Q9P232 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
CNTN3Q9P232 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
CNTN3Q9P232 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
CNTN3Q9P232 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
CNTN3Q9P232 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
CNTN3Q9P232 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
CNTN3Q9P232 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CNTN3Q9P232 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
CNTN3Q9P232 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC32■■■□□ 2.71
CNTN3Q9P232 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
CNTN3Q9P232 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
CNTN3Q9P232 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC31.96■■■□□ 2.71
CNTN3Q9P232 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CNTN3Q9P232 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC31.9■■■□□ 2.7
CNTN3Q9P232 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
CNTN3Q9P232 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
CNTN3Q9P232 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.69
CNTN3Q9P232 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
CNTN3Q9P232 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.75■■■□□ 2.67
CNTN3Q9P232 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC31.75■■■□□ 2.67
CNTN3Q9P232 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC31.75■■■□□ 2.67
CNTN3Q9P232 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
CNTN3Q9P232 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC31.73■■■□□ 2.67
CNTN3Q9P232 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.71■■■□□ 2.67
CNTN3Q9P232 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC31.68■■■□□ 2.66
CNTN3Q9P232 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
CNTN3Q9P232 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
CNTN3Q9P232 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
CNTN3Q9P232 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.61■■■□□ 2.65
CNTN3Q9P232 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
CNTN3Q9P232 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
CNTN3Q9P232 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
CNTN3Q9P232 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC31.53■■■□□ 2.64
CNTN3Q9P232 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
CNTN3Q9P232 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
CNTN3Q9P232 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
CNTN3Q9P232 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.46■■■□□ 2.63
CNTN3Q9P232 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.45■■■□□ 2.63
CNTN3Q9P232 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
CNTN3Q9P232 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
CNTN3Q9P232 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC31.43■■■□□ 2.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms