Protein–RNA interactions for Protein: Q9P218

COL20A1, Collagen alpha-1(XX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,284 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL20A1Q9P218 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC39.46■■■■□ 3.91
COL20A1Q9P218 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.38■■■■□ 3.73
COL20A1Q9P218 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC38.35■■■■□ 3.73
COL20A1Q9P218 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.3■■■■□ 3.72
COL20A1Q9P218 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.17■■■■□ 3.7
COL20A1Q9P218 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.16■■■■□ 3.7
COL20A1Q9P218 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC38.06■■■■□ 3.68
COL20A1Q9P218 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.71■■■■□ 3.63
COL20A1Q9P218 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC37.08■■■■□ 3.53
COL20A1Q9P218 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.07■■■■□ 3.52
COL20A1Q9P218 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC36.85■■■■□ 3.49
COL20A1Q9P218 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.83■■■■□ 3.49
COL20A1Q9P218 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC36.82■■■■□ 3.48
COL20A1Q9P218 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.8■■■■□ 3.48
COL20A1Q9P218 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC36.67■■■■□ 3.46
COL20A1Q9P218 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC36.56■■■■□ 3.44
COL20A1Q9P218 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC36.53■■■■□ 3.44
COL20A1Q9P218 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
COL20A1Q9P218 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
COL20A1Q9P218 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.19■■■■□ 3.38
COL20A1Q9P218 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
COL20A1Q9P218 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
COL20A1Q9P218 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC36.05■■■■□ 3.36
COL20A1Q9P218 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
COL20A1Q9P218 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
COL20A1Q9P218 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
COL20A1Q9P218 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
COL20A1Q9P218 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
COL20A1Q9P218 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC35.51■■■■□ 3.28
COL20A1Q9P218 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC35.47■■■■□ 3.27
COL20A1Q9P218 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
COL20A1Q9P218 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
COL20A1Q9P218 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
COL20A1Q9P218 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.24■■■■□ 3.23
COL20A1Q9P218 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC35.21■■■■□ 3.23
COL20A1Q9P218 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
COL20A1Q9P218 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
COL20A1Q9P218 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC34.96■■■■□ 3.19
COL20A1Q9P218 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.19
COL20A1Q9P218 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.86■■■■□ 3.17
COL20A1Q9P218 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC34.79■■■■□ 3.16
COL20A1Q9P218 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC34.78■■■■□ 3.16
COL20A1Q9P218 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.77■■■■□ 3.16
COL20A1Q9P218 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
COL20A1Q9P218 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.68■■■■□ 3.14
COL20A1Q9P218 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC34.67■■■■□ 3.14
COL20A1Q9P218 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC34.67■■■■□ 3.14
COL20A1Q9P218 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
COL20A1Q9P218 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.63■■■■□ 3.13
COL20A1Q9P218 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC34.6■■■■□ 3.13
COL20A1Q9P218 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC34.45■■■■□ 3.11
COL20A1Q9P218 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC34.44■■■■□ 3.1
COL20A1Q9P218 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.43■■■■□ 3.1
COL20A1Q9P218 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.43■■■■□ 3.1
COL20A1Q9P218 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
COL20A1Q9P218 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
COL20A1Q9P218 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.27■■■■□ 3.08
COL20A1Q9P218 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
COL20A1Q9P218 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC34.23■■■■□ 3.07
COL20A1Q9P218 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
COL20A1Q9P218 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
COL20A1Q9P218 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC34.14■■■■□ 3.06
COL20A1Q9P218 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
COL20A1Q9P218 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
COL20A1Q9P218 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC33.95■■■■□ 3.02
COL20A1Q9P218 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
COL20A1Q9P218 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC33.91■■■■□ 3.02
COL20A1Q9P218 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
COL20A1Q9P218 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
COL20A1Q9P218 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
COL20A1Q9P218 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC33.77■■■■□ 3
COL20A1Q9P218 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC33.75■■■□□ 2.99
COL20A1Q9P218 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
COL20A1Q9P218 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC33.69■■■□□ 2.98
COL20A1Q9P218 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
COL20A1Q9P218 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
COL20A1Q9P218 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
COL20A1Q9P218 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC33.61■■■□□ 2.97
COL20A1Q9P218 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC33.61■■■□□ 2.97
COL20A1Q9P218 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
COL20A1Q9P218 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC33.6■■■□□ 2.97
COL20A1Q9P218 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
COL20A1Q9P218 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.56■■■□□ 2.96
COL20A1Q9P218 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC33.55■■■□□ 2.96
COL20A1Q9P218 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
COL20A1Q9P218 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.5■■■□□ 2.95
COL20A1Q9P218 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
COL20A1Q9P218 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC33.46■■■□□ 2.95
COL20A1Q9P218 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
COL20A1Q9P218 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
COL20A1Q9P218 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
COL20A1Q9P218 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC33.42■■■□□ 2.94
COL20A1Q9P218 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
COL20A1Q9P218 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.4■■■□□ 2.94
COL20A1Q9P218 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
COL20A1Q9P218 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC33.37■■■□□ 2.93
COL20A1Q9P218 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC33.36■■■□□ 2.93
COL20A1Q9P218 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.35■■■□□ 2.93
COL20A1Q9P218 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC33.33■■■□□ 2.93
COL20A1Q9P218 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.29■■■□□ 2.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.9 ms