Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC34.15■■■■□ 3.06
SKA1Q96BD8 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC33.7■■■□□ 2.99
SKA1Q96BD8 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
SKA1Q96BD8 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC33.17■■■□□ 2.9
SKA1Q96BD8 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.15■■■□□ 2.9
SKA1Q96BD8 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
SKA1Q96BD8 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
SKA1Q96BD8 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.91■■■□□ 2.86
SKA1Q96BD8 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC32.86■■■□□ 2.85
SKA1Q96BD8 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC32.68■■■□□ 2.82
SKA1Q96BD8 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.3■■■□□ 2.76
SKA1Q96BD8 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
SKA1Q96BD8 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC32.17■■■□□ 2.74
SKA1Q96BD8 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC32.06■■■□□ 2.72
SKA1Q96BD8 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC32.04■■■□□ 2.72
SKA1Q96BD8 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC31.99■■■□□ 2.71
SKA1Q96BD8 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC31.95■■■□□ 2.71
SKA1Q96BD8 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.94■■■□□ 2.7
SKA1Q96BD8 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
SKA1Q96BD8 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
SKA1Q96BD8 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.84■■■□□ 2.69
SKA1Q96BD8 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
SKA1Q96BD8 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC31.72■■■□□ 2.67
SKA1Q96BD8 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
SKA1Q96BD8 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC31.55■■■□□ 2.64
SKA1Q96BD8 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
SKA1Q96BD8 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
SKA1Q96BD8 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC31.33■■■□□ 2.61
SKA1Q96BD8 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.3■■■□□ 2.6
SKA1Q96BD8 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC31.28■■■□□ 2.6
SKA1Q96BD8 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.26■■■□□ 2.59
SKA1Q96BD8 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
SKA1Q96BD8 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
SKA1Q96BD8 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
SKA1Q96BD8 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
SKA1Q96BD8 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.22■■■□□ 2.59
SKA1Q96BD8 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.21■■■□□ 2.59
SKA1Q96BD8 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC31.2■■■□□ 2.59
SKA1Q96BD8 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
SKA1Q96BD8 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
SKA1Q96BD8 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.05■■■□□ 2.56
SKA1Q96BD8 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC30.9■■■□□ 2.54
SKA1Q96BD8 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
SKA1Q96BD8 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
SKA1Q96BD8 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
SKA1Q96BD8 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC30.63■■■□□ 2.49
SKA1Q96BD8 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC30.58■■■□□ 2.49
SKA1Q96BD8 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC30.57■■■□□ 2.48
SKA1Q96BD8 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC30.56■■■□□ 2.48
SKA1Q96BD8 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.54■■■□□ 2.48
SKA1Q96BD8 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
SKA1Q96BD8 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC30.52■■■□□ 2.48
SKA1Q96BD8 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC30.39■■■□□ 2.46
SKA1Q96BD8 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
SKA1Q96BD8 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC30.28■■■□□ 2.44
SKA1Q96BD8 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
SKA1Q96BD8 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
SKA1Q96BD8 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
SKA1Q96BD8 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
SKA1Q96BD8 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
SKA1Q96BD8 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
SKA1Q96BD8 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.21■■■□□ 2.43
SKA1Q96BD8 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
SKA1Q96BD8 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
SKA1Q96BD8 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
SKA1Q96BD8 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
SKA1Q96BD8 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
SKA1Q96BD8 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
SKA1Q96BD8 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
SKA1Q96BD8 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
SKA1Q96BD8 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
SKA1Q96BD8 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
SKA1Q96BD8 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
SKA1Q96BD8 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
SKA1Q96BD8 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC29.78■■■□□ 2.36
SKA1Q96BD8 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
SKA1Q96BD8 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
SKA1Q96BD8 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
SKA1Q96BD8 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
SKA1Q96BD8 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
SKA1Q96BD8 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
SKA1Q96BD8 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
SKA1Q96BD8 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
SKA1Q96BD8 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC29.63■■■□□ 2.33
SKA1Q96BD8 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC29.59■■■□□ 2.33
SKA1Q96BD8 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
SKA1Q96BD8 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
SKA1Q96BD8 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
SKA1Q96BD8 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
SKA1Q96BD8 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
SKA1Q96BD8 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
SKA1Q96BD8 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
SKA1Q96BD8 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
SKA1Q96BD8 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC29.45■■■□□ 2.31
SKA1Q96BD8 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
SKA1Q96BD8 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
SKA1Q96BD8 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
SKA1Q96BD8 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SKA1Q96BD8 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
SKA1Q96BD8 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC29.41■■■□□ 2.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms