Protein–RNA interactions for Protein: Q14139

UBE4A, Ubiquitin conjugation factor E4 A, humanhuman

Predictions only

Length 1,066 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UBE4AQ14139 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC42.46■■■■■ 4.39
UBE4AQ14139 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC41.47■■■■■ 4.23
UBE4AQ14139 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.28■■■■■ 4.2
UBE4AQ14139 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.23■■■■■ 4.19
UBE4AQ14139 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.06■■■■■ 4.16
UBE4AQ14139 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.02■■■■■ 4.16
UBE4AQ14139 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC40.86■■■■■ 4.13
UBE4AQ14139 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC40.77■■■■■ 4.12
UBE4AQ14139 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC39.81■■■■□ 3.96
UBE4AQ14139 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC39.8■■■■□ 3.96
UBE4AQ14139 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.78■■■■□ 3.96
UBE4AQ14139 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC39.66■■■■□ 3.94
UBE4AQ14139 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.61■■■■□ 3.93
UBE4AQ14139 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC39.51■■■■□ 3.92
UBE4AQ14139 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC39.5■■■■□ 3.91
UBE4AQ14139 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC39.47■■■■□ 3.91
UBE4AQ14139 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.28■■■■□ 3.88
UBE4AQ14139 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC39.19■■■■□ 3.86
UBE4AQ14139 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.11■■■■□ 3.85
UBE4AQ14139 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.97■■■■□ 3.83
UBE4AQ14139 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC38.91■■■■□ 3.82
UBE4AQ14139 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.89■■■■□ 3.82
UBE4AQ14139 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.83■■■■□ 3.81
UBE4AQ14139 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.47■■■■□ 3.75
UBE4AQ14139 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC38.47■■■■□ 3.75
UBE4AQ14139 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC38.47■■■■□ 3.75
UBE4AQ14139 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.35■■■■□ 3.73
UBE4AQ14139 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC38.34■■■■□ 3.73
UBE4AQ14139 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.26■■■■□ 3.72
UBE4AQ14139 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.24■■■■□ 3.71
UBE4AQ14139 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC38.2■■■■□ 3.71
UBE4AQ14139 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.19■■■■□ 3.7
UBE4AQ14139 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.01■■■■□ 3.67
UBE4AQ14139 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC37.95■■■■□ 3.67
UBE4AQ14139 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC37.83■■■■□ 3.65
UBE4AQ14139 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.8■■■■□ 3.64
UBE4AQ14139 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.74■■■■□ 3.63
UBE4AQ14139 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC37.72■■■■□ 3.63
UBE4AQ14139 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.69■■■■□ 3.62
UBE4AQ14139 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC37.56■■■■□ 3.6
UBE4AQ14139 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC37.56■■■■□ 3.6
UBE4AQ14139 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.52■■■■□ 3.6
UBE4AQ14139 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC37.5■■■■□ 3.59
UBE4AQ14139 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.46■■■■□ 3.59
UBE4AQ14139 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.46■■■■□ 3.59
UBE4AQ14139 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC37.45■■■■□ 3.59
UBE4AQ14139 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.2■■■■□ 3.55
UBE4AQ14139 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC37.16■■■■□ 3.54
UBE4AQ14139 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.1■■■■□ 3.53
UBE4AQ14139 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC37.09■■■■□ 3.53
UBE4AQ14139 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC37.08■■■■□ 3.53
UBE4AQ14139 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC37.06■■■■□ 3.52
UBE4AQ14139 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.01■■■■□ 3.52
UBE4AQ14139 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
UBE4AQ14139 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC36.94■■■■□ 3.5
UBE4AQ14139 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.91■■■■□ 3.5
UBE4AQ14139 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.89■■■■□ 3.5
UBE4AQ14139 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.77■■■■□ 3.48
UBE4AQ14139 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.75■■■■□ 3.47
UBE4AQ14139 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
UBE4AQ14139 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
UBE4AQ14139 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC36.64■■■■□ 3.46
UBE4AQ14139 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
UBE4AQ14139 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC36.56■■■■□ 3.44
UBE4AQ14139 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC36.52■■■■□ 3.44
UBE4AQ14139 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC36.52■■■■□ 3.44
UBE4AQ14139 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
UBE4AQ14139 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
UBE4AQ14139 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
UBE4AQ14139 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
UBE4AQ14139 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
UBE4AQ14139 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC36.39■■■■□ 3.42
UBE4AQ14139 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC36.35■■■■□ 3.41
UBE4AQ14139 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
UBE4AQ14139 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC36.31■■■■□ 3.4
UBE4AQ14139 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC36.26■■■■□ 3.4
UBE4AQ14139 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
UBE4AQ14139 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC36.23■■■■□ 3.39
UBE4AQ14139 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
UBE4AQ14139 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC36.16■■■■□ 3.38
UBE4AQ14139 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC36.16■■■■□ 3.38
UBE4AQ14139 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
UBE4AQ14139 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.11■■■■□ 3.37
UBE4AQ14139 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.09■■■■□ 3.37
UBE4AQ14139 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
UBE4AQ14139 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC36.08■■■■□ 3.37
UBE4AQ14139 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
UBE4AQ14139 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC36.04■■■■□ 3.36
UBE4AQ14139 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC36.01■■■■□ 3.36
UBE4AQ14139 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.36
UBE4AQ14139 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC36.01■■■■□ 3.36
UBE4AQ14139 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.35
UBE4AQ14139 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC35.98■■■■□ 3.35
UBE4AQ14139 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.97■■■■□ 3.35
UBE4AQ14139 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
UBE4AQ14139 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.93■■■■□ 3.34
UBE4AQ14139 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC35.92■■■■□ 3.34
UBE4AQ14139 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
UBE4AQ14139 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
UBE4AQ14139 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.86■■■■□ 3.33
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