Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC46.73■■■■■ 5.07
COL18A1P39060 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC46.29■■■■■ 5
COL18A1P39060 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC45.71■■■■■ 4.91
COL18A1P39060 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.61■■■■■ 4.89
COL18A1P39060 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.19■■■■■ 4.82
COL18A1P39060 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC44.94■■■■■ 4.79
COL18A1P39060 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.74■■■■■ 4.75
COL18A1P39060 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC44.58■■■■■ 4.73
COL18A1P39060 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC44.31■■■■■ 4.68
COL18A1P39060 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC44.14■■■■■ 4.66
COL18A1P39060 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC44.08■■■■■ 4.65
COL18A1P39060 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC44.06■■■■■ 4.64
COL18A1P39060 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.99■■■■■ 4.63
COL18A1P39060 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC43.81■■■■■ 4.6
COL18A1P39060 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC43.65■■■■■ 4.58
COL18A1P39060 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC43.59■■■■■ 4.57
COL18A1P39060 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.54■■■■■ 4.56
COL18A1P39060 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.49■■■■■ 4.55
COL18A1P39060 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC43.47■■■■■ 4.55
COL18A1P39060 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC43.05■■■■■ 4.48
COL18A1P39060 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.92■■■■■ 4.46
COL18A1P39060 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC42.92■■■■■ 4.46
COL18A1P39060 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.87■■■■■ 4.45
COL18A1P39060 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.78■■■■■ 4.44
COL18A1P39060 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.75■■■■■ 4.43
COL18A1P39060 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42.73■■■■■ 4.43
COL18A1P39060 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC42.71■■■■■ 4.43
COL18A1P39060 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC42.69■■■■■ 4.42
COL18A1P39060 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.62■■■■■ 4.41
COL18A1P39060 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC42.55■■■■■ 4.4
COL18A1P39060 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.43■■■■■ 4.38
COL18A1P39060 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC42.41■■■■■ 4.38
COL18A1P39060 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC42.21■■■■■ 4.35
COL18A1P39060 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC42.16■■■■■ 4.34
COL18A1P39060 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC42.14■■■■■ 4.34
COL18A1P39060 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC41.98■■■■■ 4.31
COL18A1P39060 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.91■■■■■ 4.3
COL18A1P39060 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC41.89■■■■■ 4.3
COL18A1P39060 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC41.69■■■■■ 4.26
COL18A1P39060 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.63■■■■■ 4.25
COL18A1P39060 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC41.47■■■■■ 4.23
COL18A1P39060 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC41.46■■■■■ 4.23
COL18A1P39060 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.37■■■■■ 4.21
COL18A1P39060 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC41.26■■■■■ 4.2
COL18A1P39060 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC41.24■■■■■ 4.19
COL18A1P39060 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.23■■■■■ 4.19
COL18A1P39060 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.22■■■■■ 4.19
COL18A1P39060 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC41.1■■■■■ 4.17
COL18A1P39060 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.02■■■■■ 4.16
COL18A1P39060 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC40.97■■■■■ 4.15
COL18A1P39060 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC40.91■■■■■ 4.14
COL18A1P39060 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC40.9■■■■■ 4.14
COL18A1P39060 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.89■■■■■ 4.14
COL18A1P39060 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC40.86■■■■■ 4.13
COL18A1P39060 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC40.86■■■■■ 4.13
COL18A1P39060 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC40.79■■■■■ 4.12
COL18A1P39060 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.72■■■■■ 4.11
COL18A1P39060 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC40.72■■■■■ 4.11
COL18A1P39060 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC40.66■■■■■ 4.1
COL18A1P39060 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC40.65■■■■■ 4.1
COL18A1P39060 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.63■■■■■ 4.09
COL18A1P39060 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.61■■■■■ 4.09
COL18A1P39060 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC40.59■■■■■ 4.09
COL18A1P39060 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC40.59■■■■■ 4.09
COL18A1P39060 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC40.47■■■■■ 4.07
COL18A1P39060 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.43■■■■■ 4.06
COL18A1P39060 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC40.41■■■■■ 4.06
COL18A1P39060 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC40.41■■■■■ 4.06
COL18A1P39060 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.4■■■■■ 4.06
COL18A1P39060 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC40.38■■■■■ 4.05
COL18A1P39060 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC40.38■■■■■ 4.05
COL18A1P39060 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.33■■■■■ 4.05
COL18A1P39060 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.32■■■■■ 4.05
COL18A1P39060 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC40.32■■■■■ 4.05
COL18A1P39060 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.26■■■■■ 4.03
COL18A1P39060 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.19■■■■■ 4.02
COL18A1P39060 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.19■■■■■ 4.02
COL18A1P39060 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC40.18■■■■■ 4.02
COL18A1P39060 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.16■■■■■ 4.02
COL18A1P39060 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC40.16■■■■■ 4.02
COL18A1P39060 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC40.15■■■■■ 4.02
COL18A1P39060 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.14■■■■■ 4.02
COL18A1P39060 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC40.12■■■■■ 4.01
COL18A1P39060 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.07■■■■■ 4
COL18A1P39060 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC40.07■■■■■ 4
COL18A1P39060 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC40.02■■■■■ 4
COL18A1P39060 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC40■■■■□ 3.99
COL18A1P39060 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.99■■■■□ 3.99
COL18A1P39060 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC39.99■■■■□ 3.99
COL18A1P39060 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.96■■■■□ 3.99
COL18A1P39060 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.89■■■■□ 3.98
COL18A1P39060 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC39.89■■■■□ 3.98
COL18A1P39060 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.88■■■■□ 3.97
COL18A1P39060 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC39.84■■■■□ 3.97
COL18A1P39060 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC39.83■■■■□ 3.97
COL18A1P39060 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC39.8■■■■□ 3.96
COL18A1P39060 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC39.79■■■■□ 3.96
COL18A1P39060 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC39.79■■■■□ 3.96
COL18A1P39060 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.77■■■■□ 3.96
COL18A1P39060 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.73■■■■□ 3.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.6 ms