Protein–RNA interactions for Protein: P31269

HOXA9, Homeobox protein Hox-A9, humanhuman

Predictions only

Length 272 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA9P31269 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC36.44■■■■□ 3.42
HOXA9P31269 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC35.93■■■■□ 3.34
HOXA9P31269 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
HOXA9P31269 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.35■■■■□ 3.25
HOXA9P31269 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
HOXA9P31269 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
HOXA9P31269 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.09■■■■□ 3.21
HOXA9P31269 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC34.88■■■■□ 3.17
HOXA9P31269 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.4■■■■□ 3.1
HOXA9P31269 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC34.22■■■■□ 3.07
HOXA9P31269 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC34.17■■■■□ 3.06
HOXA9P31269 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC34.1■■■■□ 3.05
HOXA9P31269 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
HOXA9P31269 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34■■■■□ 3.03
HOXA9P31269 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
HOXA9P31269 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC33.83■■■■□ 3.01
HOXA9P31269 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
HOXA9P31269 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
HOXA9P31269 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
HOXA9P31269 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC33.5■■■□□ 2.95
HOXA9P31269 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
HOXA9P31269 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.36■■■□□ 2.93
HOXA9P31269 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
HOXA9P31269 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC33.34■■■□□ 2.93
HOXA9P31269 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
HOXA9P31269 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
HOXA9P31269 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC33.18■■■□□ 2.9
HOXA9P31269 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
HOXA9P31269 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.14■■■□□ 2.9
HOXA9P31269 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC32.96■■■□□ 2.87
HOXA9P31269 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
HOXA9P31269 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
HOXA9P31269 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.66■■■□□ 2.82
HOXA9P31269 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC32.62■■■□□ 2.81
HOXA9P31269 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC32.58■■■□□ 2.81
HOXA9P31269 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC32.56■■■□□ 2.8
HOXA9P31269 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC32.55■■■□□ 2.8
HOXA9P31269 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC32.49■■■□□ 2.79
HOXA9P31269 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC32.42■■■□□ 2.78
HOXA9P31269 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
HOXA9P31269 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC32.35■■■□□ 2.77
HOXA9P31269 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
HOXA9P31269 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.76
HOXA9P31269 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
HOXA9P31269 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
HOXA9P31269 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
HOXA9P31269 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
HOXA9P31269 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
HOXA9P31269 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.7
HOXA9P31269 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC31.92■■■□□ 2.7
HOXA9P31269 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC31.74■■■□□ 2.67
HOXA9P31269 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
HOXA9P31269 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
HOXA9P31269 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
HOXA9P31269 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC31.61■■■□□ 2.65
HOXA9P31269 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
HOXA9P31269 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
HOXA9P31269 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
HOXA9P31269 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
HOXA9P31269 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.51■■■□□ 2.63
HOXA9P31269 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC31.48■■■□□ 2.63
HOXA9P31269 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
HOXA9P31269 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC31.41■■■□□ 2.62
HOXA9P31269 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
HOXA9P31269 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.39■■■□□ 2.62
HOXA9P31269 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.61
HOXA9P31269 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC31.38■■■□□ 2.61
HOXA9P31269 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC31.38■■■□□ 2.61
HOXA9P31269 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC31.38■■■□□ 2.61
HOXA9P31269 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC31.37■■■□□ 2.61
HOXA9P31269 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.35■■■□□ 2.61
HOXA9P31269 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
HOXA9P31269 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
HOXA9P31269 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
HOXA9P31269 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.33■■■□□ 2.61
HOXA9P31269 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC31.32■■■□□ 2.61
HOXA9P31269 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC31.3■■■□□ 2.6
HOXA9P31269 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.28■■■□□ 2.6
HOXA9P31269 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC31.26■■■□□ 2.59
HOXA9P31269 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.25■■■□□ 2.59
HOXA9P31269 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.23■■■□□ 2.59
HOXA9P31269 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
HOXA9P31269 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.15■■■□□ 2.58
HOXA9P31269 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC31.14■■■□□ 2.58
HOXA9P31269 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
HOXA9P31269 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC31.14■■■□□ 2.58
HOXA9P31269 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
HOXA9P31269 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC31.11■■■□□ 2.57
HOXA9P31269 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
HOXA9P31269 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC31.02■■■□□ 2.56
HOXA9P31269 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
HOXA9P31269 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC31■■■□□ 2.55
HOXA9P31269 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
HOXA9P31269 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.99■■■□□ 2.55
HOXA9P31269 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.96■■■□□ 2.55
HOXA9P31269 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
HOXA9P31269 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
HOXA9P31269 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC30.9■■■□□ 2.54
HOXA9P31269 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
HOXA9P31269 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC30.88■■■□□ 2.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.9 ms