Protein–RNA interactions for Protein: A6NJ46

NKX6-3, Homeobox protein Nkx-6.3, humanhuman

Predictions only

Length 265 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX6-3A6NJ46 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC28.46■■■□□ 2.15
NKX6-3A6NJ46 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
NKX6-3A6NJ46 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
NKX6-3A6NJ46 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
NKX6-3A6NJ46 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
NKX6-3A6NJ46 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
NKX6-3A6NJ46 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
NKX6-3A6NJ46 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
NKX6-3A6NJ46 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
NKX6-3A6NJ46 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
NKX6-3A6NJ46 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NKX6-3A6NJ46 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
NKX6-3A6NJ46 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
NKX6-3A6NJ46 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NKX6-3A6NJ46 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
NKX6-3A6NJ46 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
NKX6-3A6NJ46 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
NKX6-3A6NJ46 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
NKX6-3A6NJ46 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
NKX6-3A6NJ46 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
NKX6-3A6NJ46 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
NKX6-3A6NJ46 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
NKX6-3A6NJ46 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
NKX6-3A6NJ46 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
NKX6-3A6NJ46 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
NKX6-3A6NJ46 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
NKX6-3A6NJ46 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC25.78■■□□□ 1.72
NKX6-3A6NJ46 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
NKX6-3A6NJ46 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
NKX6-3A6NJ46 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
NKX6-3A6NJ46 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
NKX6-3A6NJ46 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
NKX6-3A6NJ46 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
NKX6-3A6NJ46 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
NKX6-3A6NJ46 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
NKX6-3A6NJ46 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
NKX6-3A6NJ46 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
NKX6-3A6NJ46 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
NKX6-3A6NJ46 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
NKX6-3A6NJ46 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
NKX6-3A6NJ46 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
NKX6-3A6NJ46 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
NKX6-3A6NJ46 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
NKX6-3A6NJ46 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
NKX6-3A6NJ46 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
NKX6-3A6NJ46 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
NKX6-3A6NJ46 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
NKX6-3A6NJ46 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
NKX6-3A6NJ46 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
NKX6-3A6NJ46 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
NKX6-3A6NJ46 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
NKX6-3A6NJ46 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
NKX6-3A6NJ46 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
NKX6-3A6NJ46 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
NKX6-3A6NJ46 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
NKX6-3A6NJ46 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
NKX6-3A6NJ46 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
NKX6-3A6NJ46 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
NKX6-3A6NJ46 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
NKX6-3A6NJ46 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
NKX6-3A6NJ46 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
NKX6-3A6NJ46 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
NKX6-3A6NJ46 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
NKX6-3A6NJ46 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
NKX6-3A6NJ46 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
NKX6-3A6NJ46 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC24.64■■□□□ 1.54
NKX6-3A6NJ46 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
NKX6-3A6NJ46 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
NKX6-3A6NJ46 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
NKX6-3A6NJ46 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
NKX6-3A6NJ46 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
NKX6-3A6NJ46 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
NKX6-3A6NJ46 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
NKX6-3A6NJ46 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
NKX6-3A6NJ46 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
NKX6-3A6NJ46 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NKX6-3A6NJ46 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NKX6-3A6NJ46 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
NKX6-3A6NJ46 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
NKX6-3A6NJ46 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
NKX6-3A6NJ46 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
NKX6-3A6NJ46 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NKX6-3A6NJ46 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
NKX6-3A6NJ46 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NKX6-3A6NJ46 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
NKX6-3A6NJ46 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
NKX6-3A6NJ46 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
NKX6-3A6NJ46 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
NKX6-3A6NJ46 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
NKX6-3A6NJ46 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NKX6-3A6NJ46 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
NKX6-3A6NJ46 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
NKX6-3A6NJ46 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
NKX6-3A6NJ46 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
NKX6-3A6NJ46 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
NKX6-3A6NJ46 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
NKX6-3A6NJ46 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
NKX6-3A6NJ46 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.46
NKX6-3A6NJ46 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
NKX6-3A6NJ46 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 964.7 ms