Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL9A3Q14050 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
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