Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC29.99■■■□□ 2.39
LIMCH1Q9UPQ0 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.99■■■□□ 2.39
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
LIMCH1Q9UPQ0 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
LIMCH1Q9UPQ0 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC29.98■■■□□ 2.39
LIMCH1Q9UPQ0 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1Q9UPQ0 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1Q9UPQ0 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1Q9UPQ0 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1Q9UPQ0 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1Q9UPQ0 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1Q9UPQ0 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1Q9UPQ0 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1Q9UPQ0 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
LIMCH1Q9UPQ0 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
LIMCH1Q9UPQ0 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
LIMCH1Q9UPQ0 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
LIMCH1Q9UPQ0 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
LIMCH1Q9UPQ0 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC29.92■■■□□ 2.38
LIMCH1Q9UPQ0 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
LIMCH1Q9UPQ0 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
LIMCH1Q9UPQ0 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
LIMCH1Q9UPQ0 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
LIMCH1Q9UPQ0 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
LIMCH1Q9UPQ0 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
LIMCH1Q9UPQ0 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
LIMCH1Q9UPQ0 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
LIMCH1Q9UPQ0 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC29.89■■■□□ 2.38
LIMCH1Q9UPQ0 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
LIMCH1Q9UPQ0 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC29.89■■■□□ 2.37
LIMCH1Q9UPQ0 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.88■■■□□ 2.37
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
LIMCH1Q9UPQ0 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
LIMCH1Q9UPQ0 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC29.86■■■□□ 2.37
LIMCH1Q9UPQ0 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
LIMCH1Q9UPQ0 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
LIMCH1Q9UPQ0 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
LIMCH1Q9UPQ0 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
LIMCH1Q9UPQ0 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC29.85■■■□□ 2.37
LIMCH1Q9UPQ0 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC29.83■■■□□ 2.37
LIMCH1Q9UPQ0 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC29.83■■■□□ 2.37
LIMCH1Q9UPQ0 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
LIMCH1Q9UPQ0 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
LIMCH1Q9UPQ0 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC29.83■■■□□ 2.37
LIMCH1Q9UPQ0 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC29.82■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC29.82■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC29.82■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC29.81■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC29.81■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC29.8■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC29.79■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC29.79■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC29.79■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC29.78■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.36
LIMCH1Q9UPQ0 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
LIMCH1Q9UPQ0 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
LIMCH1Q9UPQ0 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC29.75■■■□□ 2.35
LIMCH1Q9UPQ0 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC29.74■■■□□ 2.35
LIMCH1Q9UPQ0 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC29.74■■■□□ 2.35
LIMCH1Q9UPQ0 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
LIMCH1Q9UPQ0 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
LIMCH1Q9UPQ0 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
LIMCH1Q9UPQ0 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.74■■■□□ 2.35
LIMCH1Q9UPQ0 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC29.73■■■□□ 2.35
LIMCH1Q9UPQ0 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC29.73■■■□□ 2.35
LIMCH1Q9UPQ0 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.73■■■□□ 2.35
LIMCH1Q9UPQ0 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
LIMCH1Q9UPQ0 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC29.72■■■□□ 2.35
LIMCH1Q9UPQ0 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC29.72■■■□□ 2.35
LIMCH1Q9UPQ0 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
LIMCH1Q9UPQ0 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.71■■■□□ 2.35
LIMCH1Q9UPQ0 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC29.71■■■□□ 2.35
LIMCH1Q9UPQ0 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
LIMCH1Q9UPQ0 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
LIMCH1Q9UPQ0 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
LIMCH1Q9UPQ0 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC29.7■■■□□ 2.35
LIMCH1Q9UPQ0 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC29.7■■■□□ 2.34
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.7■■■□□ 2.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.7 ms