Protein–RNA interactions for Protein: Q8NB14

USP38, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 38, humanhuman

Predictions only

Length 1,042 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP38Q8NB14 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
USP38Q8NB14 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
USP38Q8NB14 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
USP38Q8NB14 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
USP38Q8NB14 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP38Q8NB14 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
USP38Q8NB14 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP38Q8NB14 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP38Q8NB14 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP38Q8NB14 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
USP38Q8NB14 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC28.39■■■□□ 2.14
USP38Q8NB14 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.13
USP38Q8NB14 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
USP38Q8NB14 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
USP38Q8NB14 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
USP38Q8NB14 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
USP38Q8NB14 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
USP38Q8NB14 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
USP38Q8NB14 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
USP38Q8NB14 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
USP38Q8NB14 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
USP38Q8NB14 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
USP38Q8NB14 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
USP38Q8NB14 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
USP38Q8NB14 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
USP38Q8NB14 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
USP38Q8NB14 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
USP38Q8NB14 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
USP38Q8NB14 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
USP38Q8NB14 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC28.34■■■□□ 2.13
USP38Q8NB14 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
USP38Q8NB14 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC28.34■■■□□ 2.13
USP38Q8NB14 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP38Q8NB14 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP38Q8NB14 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP38Q8NB14 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP38Q8NB14 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP38Q8NB14 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP38Q8NB14 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP38Q8NB14 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP38Q8NB14 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
USP38Q8NB14 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP38Q8NB14 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP38Q8NB14 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP38Q8NB14 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP38Q8NB14 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP38Q8NB14 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP38Q8NB14 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP38Q8NB14 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP38Q8NB14 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP38Q8NB14 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP38Q8NB14 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
USP38Q8NB14 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP38Q8NB14 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP38Q8NB14 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP38Q8NB14 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP38Q8NB14 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP38Q8NB14 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP38Q8NB14 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP38Q8NB14 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP38Q8NB14 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP38Q8NB14 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP38Q8NB14 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP38Q8NB14 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP38Q8NB14 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
USP38Q8NB14 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
USP38Q8NB14 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP38Q8NB14 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
USP38Q8NB14 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
USP38Q8NB14 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
USP38Q8NB14 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
USP38Q8NB14 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.2 ms