Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC28.7■■■□□ 2.19
USP49Q70CQ1 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC28.66■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
USP49Q70CQ1 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
USP49Q70CQ1 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
USP49Q70CQ1 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
USP49Q70CQ1 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
USP49Q70CQ1 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
USP49Q70CQ1 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
USP49Q70CQ1 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP49Q70CQ1 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP49Q70CQ1 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP49Q70CQ1 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP49Q70CQ1 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP49Q70CQ1 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP49Q70CQ1 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP49Q70CQ1 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP49Q70CQ1 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP49Q70CQ1 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP49Q70CQ1 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP49Q70CQ1 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP49Q70CQ1 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP49Q70CQ1 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP49Q70CQ1 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP49Q70CQ1 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP49Q70CQ1 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.5■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.5■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
USP49Q70CQ1 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
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