Protein–RNA interactions for Protein: P49754

VPS41, Vacuolar protein sorting-associated protein 41 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 854 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS41P49754 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS41P49754 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS41P49754 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS41P49754 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS41P49754 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS41P49754 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS41P49754 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS41P49754 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS41P49754 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS41P49754 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS41P49754 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS41P49754 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS41P49754 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS41P49754 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS41P49754 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS41P49754 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS41P49754 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS41P49754 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS41P49754 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
VPS41P49754 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS41P49754 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS41P49754 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS41P49754 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS41P49754 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS41P49754 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
VPS41P49754 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
VPS41P49754 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
VPS41P49754 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS41P49754 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
VPS41P49754 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS41P49754 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC26.12■■□□□ 1.77
VPS41P49754 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS41P49754 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS41P49754 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS41P49754 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS41P49754 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS41P49754 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS41P49754 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS41P49754 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS41P49754 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS41P49754 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS41P49754 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS41P49754 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS41P49754 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS41P49754 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS41P49754 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS41P49754 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS41P49754 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS41P49754 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS41P49754 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS41P49754 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS41P49754 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS41P49754 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS41P49754 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS41P49754 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS41P49754 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS41P49754 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS41P49754 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS41P49754 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS41P49754 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS41P49754 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS41P49754 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS41P49754 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS41P49754 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS41P49754 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS41P49754 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS41P49754 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
VPS41P49754 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS41P49754 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS41P49754 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS41P49754 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS41P49754 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS41P49754 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
VPS41P49754 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS41P49754 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS41P49754 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS41P49754 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS41P49754 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS41P49754 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS41P49754 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS41P49754 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS41P49754 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS41P49754 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS41P49754 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS41P49754 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS41P49754 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS41P49754 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS41P49754 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS41P49754 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS41P49754 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS41P49754 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS41P49754 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS41P49754 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS41P49754 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
VPS41P49754 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS41P49754 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS41P49754 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS41P49754 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS41P49754 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS41P49754 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.94■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12 ms