Protein–RNA interactions for Protein: O95484

CLDN9, Claudin-9, humanhuman

Predictions only

Length 217 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN9O95484 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
CLDN9O95484 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CLDN9O95484 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CLDN9O95484 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CLDN9O95484 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CLDN9O95484 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CLDN9O95484 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CLDN9O95484 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CLDN9O95484 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CLDN9O95484 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CLDN9O95484 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CLDN9O95484 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CLDN9O95484 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CLDN9O95484 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CLDN9O95484 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CLDN9O95484 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CLDN9O95484 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CLDN9O95484 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CLDN9O95484 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CLDN9O95484 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CLDN9O95484 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CLDN9O95484 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CLDN9O95484 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CLDN9O95484 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 88.9 ms