Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC25.86■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC25.83■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
DKK3Q9UBP4 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
DKK3Q9UBP4 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
DKK3Q9UBP4 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
DKK3Q9UBP4 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
DKK3Q9UBP4 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
DKK3Q9UBP4 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
DKK3Q9UBP4 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
DKK3Q9UBP4 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
DKK3Q9UBP4 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
DKK3Q9UBP4 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.79■■□□□ 1.72
DKK3Q9UBP4 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
DKK3Q9UBP4 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
DKK3Q9UBP4 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
DKK3Q9UBP4 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
DKK3Q9UBP4 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
DKK3Q9UBP4 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
DKK3Q9UBP4 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
DKK3Q9UBP4 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
DKK3Q9UBP4 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
DKK3Q9UBP4 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
DKK3Q9UBP4 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC25.76■■□□□ 1.72
DKK3Q9UBP4 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
DKK3Q9UBP4 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
DKK3Q9UBP4 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
DKK3Q9UBP4 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
DKK3Q9UBP4 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
DKK3Q9UBP4 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
DKK3Q9UBP4 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
DKK3Q9UBP4 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
DKK3Q9UBP4 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
DKK3Q9UBP4 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
DKK3Q9UBP4 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
DKK3Q9UBP4 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC25.68■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC25.66■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
DKK3Q9UBP4 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC25.61■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
DKK3Q9UBP4 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.2 ms