Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZR4

VSX1, Visual system homeobox 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 365 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VSX1Q9NZR4 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
VSX1Q9NZR4 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VSX1Q9NZR4 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
VSX1Q9NZR4 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
VSX1Q9NZR4 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
VSX1Q9NZR4 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VSX1Q9NZR4 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VSX1Q9NZR4 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VSX1Q9NZR4 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VSX1Q9NZR4 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VSX1Q9NZR4 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VSX1Q9NZR4 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
VSX1Q9NZR4 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VSX1Q9NZR4 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
VSX1Q9NZR4 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
VSX1Q9NZR4 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VSX1Q9NZR4 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VSX1Q9NZR4 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VSX1Q9NZR4 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VSX1Q9NZR4 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VSX1Q9NZR4 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VSX1Q9NZR4 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VSX1Q9NZR4 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VSX1Q9NZR4 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
VSX1Q9NZR4 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VSX1Q9NZR4 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VSX1Q9NZR4 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms