Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.11■■■□□ 2.41
NUP88Q99567 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
NUP88Q99567 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC30.1■■■□□ 2.41
NUP88Q99567 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC30.1■■■□□ 2.41
NUP88Q99567 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
NUP88Q99567 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
NUP88Q99567 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
NUP88Q99567 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
NUP88Q99567 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
NUP88Q99567 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC30.06■■■□□ 2.4
NUP88Q99567 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
NUP88Q99567 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
NUP88Q99567 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
NUP88Q99567 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
NUP88Q99567 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
NUP88Q99567 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
NUP88Q99567 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
NUP88Q99567 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
NUP88Q99567 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
NUP88Q99567 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC30.02■■■□□ 2.4
NUP88Q99567 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
NUP88Q99567 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
NUP88Q99567 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
NUP88Q99567 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
NUP88Q99567 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
NUP88Q99567 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
NUP88Q99567 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
NUP88Q99567 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
NUP88Q99567 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC29.99■■■□□ 2.39
NUP88Q99567 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.99■■■□□ 2.39
NUP88Q99567 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
NUP88Q99567 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
NUP88Q99567 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
NUP88Q99567 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
NUP88Q99567 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
NUP88Q99567 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
NUP88Q99567 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
NUP88Q99567 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
NUP88Q99567 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
NUP88Q99567 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
NUP88Q99567 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC29.95■■■□□ 2.39
NUP88Q99567 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
NUP88Q99567 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
NUP88Q99567 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
NUP88Q99567 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
NUP88Q99567 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
NUP88Q99567 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
NUP88Q99567 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
NUP88Q99567 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
NUP88Q99567 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
NUP88Q99567 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
NUP88Q99567 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
NUP88Q99567 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC29.93■■■□□ 2.38
NUP88Q99567 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
NUP88Q99567 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC29.92■■■□□ 2.38
NUP88Q99567 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
NUP88Q99567 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
NUP88Q99567 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
NUP88Q99567 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC29.9■■■□□ 2.38
NUP88Q99567 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
NUP88Q99567 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
NUP88Q99567 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC29.88■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC29.88■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC29.88■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.88■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC29.86■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC29.84■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.83■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC29.83■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.37
NUP88Q99567 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC29.82■■■□□ 2.36
NUP88Q99567 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
NUP88Q99567 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
NUP88Q99567 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
NUP88Q99567 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
NUP88Q99567 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
NUP88Q99567 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
NUP88Q99567 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.81■■■□□ 2.36
NUP88Q99567 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
NUP88Q99567 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
NUP88Q99567 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
NUP88Q99567 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
NUP88Q99567 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
NUP88Q99567 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
NUP88Q99567 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.1 ms