Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.48
COL9A3Q14050 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.51■■■□□ 2.47
COL9A3Q14050 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
COL9A3Q14050 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC30.51■■■□□ 2.47
COL9A3Q14050 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.5■■■□□ 2.47
COL9A3Q14050 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
COL9A3Q14050 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
COL9A3Q14050 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
COL9A3Q14050 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
COL9A3Q14050 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
COL9A3Q14050 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC30.49■■■□□ 2.47
COL9A3Q14050 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC30.48■■■□□ 2.47
COL9A3Q14050 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC30.48■■■□□ 2.47
COL9A3Q14050 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
COL9A3Q14050 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC30.47■■■□□ 2.47
COL9A3Q14050 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.47■■■□□ 2.47
COL9A3Q14050 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
COL9A3Q14050 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC30.46■■■□□ 2.47
COL9A3Q14050 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC30.46■■■□□ 2.47
COL9A3Q14050 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
COL9A3Q14050 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC30.45■■■□□ 2.47
COL9A3Q14050 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC30.44■■■□□ 2.46
COL9A3Q14050 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
COL9A3Q14050 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC30.44■■■□□ 2.46
COL9A3Q14050 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
COL9A3Q14050 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC30.43■■■□□ 2.46
COL9A3Q14050 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
COL9A3Q14050 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
COL9A3Q14050 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC30.43■■■□□ 2.46
COL9A3Q14050 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC30.43■■■□□ 2.46
COL9A3Q14050 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.42■■■□□ 2.46
COL9A3Q14050 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
COL9A3Q14050 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
COL9A3Q14050 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
COL9A3Q14050 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC30.42■■■□□ 2.46
COL9A3Q14050 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
COL9A3Q14050 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC30.42■■■□□ 2.46
COL9A3Q14050 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
COL9A3Q14050 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
COL9A3Q14050 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.41■■■□□ 2.46
COL9A3Q14050 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
COL9A3Q14050 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC30.39■■■□□ 2.46
COL9A3Q14050 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC30.39■■■□□ 2.46
COL9A3Q14050 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC30.39■■■□□ 2.46
COL9A3Q14050 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
COL9A3Q14050 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
COL9A3Q14050 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
COL9A3Q14050 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC30.37■■■□□ 2.45
COL9A3Q14050 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
COL9A3Q14050 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
COL9A3Q14050 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.34■■■□□ 2.45
COL9A3Q14050 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
COL9A3Q14050 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
COL9A3Q14050 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC30.34■■■□□ 2.45
COL9A3Q14050 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC30.34■■■□□ 2.45
COL9A3Q14050 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC30.33■■■□□ 2.45
COL9A3Q14050 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
COL9A3Q14050 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
COL9A3Q14050 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
COL9A3Q14050 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.33■■■□□ 2.45
COL9A3Q14050 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
COL9A3Q14050 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC30.33■■■□□ 2.45
COL9A3Q14050 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC30.33■■■□□ 2.45
COL9A3Q14050 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
COL9A3Q14050 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC30.32■■■□□ 2.45
COL9A3Q14050 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC30.32■■■□□ 2.44
COL9A3Q14050 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
COL9A3Q14050 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
COL9A3Q14050 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC30.31■■■□□ 2.44
COL9A3Q14050 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
COL9A3Q14050 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.31■■■□□ 2.44
COL9A3Q14050 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.31■■■□□ 2.44
COL9A3Q14050 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
COL9A3Q14050 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
COL9A3Q14050 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC30.3■■■□□ 2.44
COL9A3Q14050 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
COL9A3Q14050 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.3■■■□□ 2.44
COL9A3Q14050 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
COL9A3Q14050 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
COL9A3Q14050 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC30.29■■■□□ 2.44
COL9A3Q14050 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
COL9A3Q14050 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
COL9A3Q14050 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
COL9A3Q14050 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC30.27■■■□□ 2.44
COL9A3Q14050 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
COL9A3Q14050 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC30.27■■■□□ 2.44
COL9A3Q14050 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.44
COL9A3Q14050 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
COL9A3Q14050 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
COL9A3Q14050 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC30.24■■■□□ 2.43
COL9A3Q14050 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
COL9A3Q14050 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
COL9A3Q14050 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
COL9A3Q14050 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
COL9A3Q14050 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC30.22■■■□□ 2.43
COL9A3Q14050 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
COL9A3Q14050 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
COL9A3Q14050 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC30.2■■■□□ 2.42
COL9A3Q14050 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC30.19■■■□□ 2.42
COL9A3Q14050 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC30.19■■■□□ 2.42
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