Protein–RNA interactions for Protein: P35498

SCN1A, Sodium channel protein type 1 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1AP35498 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SCN1AP35498 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN1AP35498 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN1AP35498 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN1AP35498 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN1AP35498 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN1AP35498 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN1AP35498 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
SCN1AP35498 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SCN1AP35498 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SCN1AP35498 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
SCN1AP35498 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
SCN1AP35498 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SCN1AP35498 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SCN1AP35498 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
SCN1AP35498 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SCN1AP35498 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SCN1AP35498 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SCN1AP35498 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SCN1AP35498 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.02
SCN1AP35498 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
SCN1AP35498 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
SCN1AP35498 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
SCN1AP35498 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC27.63■■■□□ 2.01
SCN1AP35498 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SCN1AP35498 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN1AP35498 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN1AP35498 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
SCN1AP35498 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
SCN1AP35498 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SCN1AP35498 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC27.6■■■□□ 2.01
SCN1AP35498 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SCN1AP35498 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SCN1AP35498 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SCN1AP35498 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
SCN1AP35498 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SCN1AP35498 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC27.57■■■□□ 2
SCN1AP35498 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SCN1AP35498 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
SCN1AP35498 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
SCN1AP35498 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
SCN1AP35498 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SCN1AP35498 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
SCN1AP35498 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
SCN1AP35498 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SCN1AP35498 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SCN1AP35498 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SCN1AP35498 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC27.55■■■□□ 2
SCN1AP35498 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SCN1AP35498 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
SCN1AP35498 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC27.55■■■□□ 2
SCN1AP35498 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
SCN1AP35498 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SCN1AP35498 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SCN1AP35498 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
SCN1AP35498 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SCN1AP35498 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
SCN1AP35498 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SCN1AP35498 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SCN1AP35498 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SCN1AP35498 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
SCN1AP35498 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SCN1AP35498 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC27.51■■■□□ 2
SCN1AP35498 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
SCN1AP35498 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
SCN1AP35498 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
SCN1AP35498 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SCN1AP35498 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
SCN1AP35498 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
SCN1AP35498 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SCN1AP35498 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SCN1AP35498 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SCN1AP35498 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SCN1AP35498 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SCN1AP35498 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
SCN1AP35498 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
SCN1AP35498 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
SCN1AP35498 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
SCN1AP35498 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
SCN1AP35498 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
SCN1AP35498 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SCN1AP35498 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SCN1AP35498 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
SCN1AP35498 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
SCN1AP35498 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
SCN1AP35498 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
SCN1AP35498 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
SCN1AP35498 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
SCN1AP35498 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
SCN1AP35498 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
SCN1AP35498 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
SCN1AP35498 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
SCN1AP35498 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
SCN1AP35498 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
SCN1AP35498 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
SCN1AP35498 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
SCN1AP35498 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
SCN1AP35498 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
SCN1AP35498 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
SCN1AP35498 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms