Protein–RNA interactions for Protein: P20908

COL5A1, Collagen alpha-1(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,838 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A1P20908 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL5A1P20908 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL5A1P20908 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL5A1P20908 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
COL5A1P20908 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
COL5A1P20908 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
COL5A1P20908 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
COL5A1P20908 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
COL5A1P20908 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL5A1P20908 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL5A1P20908 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL5A1P20908 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL5A1P20908 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL5A1P20908 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL5A1P20908 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL5A1P20908 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL5A1P20908 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL5A1P20908 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL5A1P20908 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL5A1P20908 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL5A1P20908 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL5A1P20908 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
COL5A1P20908 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL5A1P20908 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL5A1P20908 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL5A1P20908 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL5A1P20908 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL5A1P20908 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL5A1P20908 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL5A1P20908 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL5A1P20908 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL5A1P20908 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL5A1P20908 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL5A1P20908 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
COL5A1P20908 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
COL5A1P20908 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL5A1P20908 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL5A1P20908 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL5A1P20908 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL5A1P20908 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL5A1P20908 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL5A1P20908 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL5A1P20908 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL5A1P20908 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL5A1P20908 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.95■■□□□ 1.59
COL5A1P20908 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL5A1P20908 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL5A1P20908 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL5A1P20908 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL5A1P20908 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL5A1P20908 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL5A1P20908 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL5A1P20908 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL5A1P20908 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL5A1P20908 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
COL5A1P20908 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL5A1P20908 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL5A1P20908 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL5A1P20908 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL5A1P20908 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL5A1P20908 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL5A1P20908 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL5A1P20908 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL5A1P20908 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL5A1P20908 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL5A1P20908 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL5A1P20908 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
COL5A1P20908 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC24.89■■□□□ 1.57
COL5A1P20908 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC24.89■■□□□ 1.57
COL5A1P20908 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL5A1P20908 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL5A1P20908 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL5A1P20908 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL5A1P20908 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL5A1P20908 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL5A1P20908 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL5A1P20908 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms