Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 PPIL2-202ENST00000398831 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.02□□□□□ -0.163e-7■■■■■ 34
SF3B4Q15427 PPIL2-201ENST00000335025 4929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.51□□□□□ -0.573e-7■■■■■ 34
SF3B4Q15427 PPIL2-203ENST00000406385 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.82□□□□□ -0.843e-7■■■■■ 34
SF3B4Q15427 PPIL2-204ENST00000417788 4213 ntTSL 28.95□□□□□ -0.983e-7■■■■■ 34
SF3B4Q15427 CEP131-203ENST00000450824 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.042e-6■■■■■ 34
SF3B4Q15427 CEP131-208ENST00000575907 3444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.112e-6■■■■■ 34
SF3B4Q15427 CEP131-202ENST00000374782 3505 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.12□□□□□ -0.152e-6■■■■■ 34
SF3B4Q15427 CEP131-201ENST00000269392 3673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.172e-6■■■■■ 34
SF3B4Q15427 ZNF212-201ENST00000335870 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.092e-6■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 ZNF212-203ENST00000481584 581 ntTSL 311.78□□□□□ -0.522e-6■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.322e-8■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 ZNF131-214ENST00000509634 3340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.12e-8■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 ZNF131-205ENST00000504359 565 ntTSL 414.88□□□□□ -0.032e-8■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 ZNF131-216ENST00000510026 2599 ntTSL 512.19□□□□□ -0.462e-8■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 ZNF131-220ENST00000515326 1050 ntTSL 1 (best)10.68□□□□□ -0.72e-8■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 ZNF131-212ENST00000509156 2063 ntTSL 2 BASIC9.81□□□□□ -0.842e-8■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 ZNF131-213ENST00000509341 572 ntTSL 59.42□□□□□ -0.92e-8■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 ZNF131-207ENST00000507218 1352 ntTSL 1 (best)7.3□□□□□ -1.242e-8■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 ZNF131-209ENST00000507393 583 ntTSL 47.11□□□□□ -1.272e-8■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 ZNF131-201ENST00000306938 2400 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.15□□□□□ -1.432e-8■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 ZNF131-210ENST00000508259 501 ntTSL 52.29□□□□□ -2.042e-8■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.473e-14■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.443e-14■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 HERC2-210ENST00000568206 2018 ntTSL 217.43■□□□□ 0.383e-14■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 USP39-218ENST00000493829 1660 ntTSL 217.2■□□□□ 0.343e-14■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 FIBP-211ENST00000533037 1010 ntTSL 516.47■□□□□ 0.237e-10■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.213e-14■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.217e-10■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 TOP1MT-215ENST00000522043 499 ntTSL 316.36■□□□□ 0.213e-14■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.143e-14■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.17e-10■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 HERC2-208ENST00000566635 2114 ntTSL 1 (best)15.47■□□□□ 0.073e-14■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 IFRD2-214ENST00000489569 1036 ntTSL 515.21■□□□□ 0.038e-12■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 FIBP-201ENST00000338369 1261 ntTSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.127e-10■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 MRTO4-202ENST00000479559 409 ntTSL 214.23□□□□□ -0.135e-6■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 FIBP-209ENST00000532679 1046 ntTSL 1 (best)13.59□□□□□ -0.237e-10■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 FIBP-208ENST00000532229 757 ntTSL 313.48□□□□□ -0.257e-10■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 HERC3-203ENST00000407637 2634 ntTSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.292e-6■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 TOP1MT-205ENST00000518760 613 ntTSL 512.53□□□□□ -0.43e-14■■■■■ 33.9
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SF3B4Q15427 USP39-207ENST00000450066 2086 ntTSL 2 BASIC12.46□□□□□ -0.413e-14■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 TOP1MT-211ENST00000520950 564 ntTSL 410.41□□□□□ -0.743e-14■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 USP39-210ENST00000459775 2148 ntTSL 29.62□□□□□ -0.873e-14■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 HERC3-202ENST00000402738 4974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.54□□□□□ -0.882e-6■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 IFRD2-211ENST00000483071 694 ntTSL 38.55□□□□□ -1.048e-12■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 DDX47-209ENST00000544032 1044 ntTSL 28.33□□□□□ -1.083e-14■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 HERC3-201ENST00000264345 4764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.23□□□□□ -1.092e-6■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 DDX47-208ENST00000542832 554 ntTSL 57.97□□□□□ -1.133e-14■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 FIBP-210ENST00000532934 377 ntTSL 27.73□□□□□ -1.177e-10■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 USP39-216ENST00000490193 1028 ntTSL 57.53□□□□□ -1.23e-14■■■■■ 33.9
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SF3B4Q15427 TSPAN4-217ENST00000527644 968 ntTSL 223.99■■□□□ 1.434e-7■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.634e-10■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 TSPAN4-210ENST00000464987 2205 ntTSL 517.16■□□□□ 0.344e-7■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 TSPAN4-211ENST00000468468 2777 ntTSL 215.19■□□□□ 0.024e-7■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.044e-7■■■■■ 33.9
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SF3B4Q15427 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC14.46□□□□□ -0.094e-7■■■■■ 33.9
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SF3B4Q15427 HAGH-207ENST00000566644 612 ntTSL 511.27□□□□□ -0.614e-10■■■■■ 33.9
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SF3B4Q15427 LRSAM1-203ENST00000373322 2849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.271e-7■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 LRSAM1-202ENST00000323301 3376 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.81□□□□□ -0.521e-7■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 LTN1-202ENST00000389194 7749 ntTSL 1 (best) BASIC4.67□□□□□ -1.662e-6■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 PSMA3-204ENST00000553677 363 ntTSL 53.48□□□□□ -1.853e-6■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 LTN1-207ENST00000614971 7756 ntTSL 1 (best) BASIC3.45□□□□□ -1.862e-6■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 LTN1-201ENST00000361371 7685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.4□□□□□ -2.022e-6■■■■■ 33.9
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SF3B4Q15427 RPUSD4-201ENST00000298317 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.243e-6■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 RPUSD4-208ENST00000533628 2053 ntTSL 1 (best) BASIC11.39□□□□□ -0.593e-6■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 RPUSD4-203ENST00000526942 1791 ntTSL 510.67□□□□□ -0.73e-6■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 RPUSD4-205ENST00000530903 1404 ntTSL 28.84□□□□□ -0.993e-6■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 RPUSD4-209ENST00000534393 579 ntTSL 47.75□□□□□ -1.173e-6■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 RPUSD4-204ENST00000530036 566 ntTSL 35.09□□□□□ -1.593e-6■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 FAM193B-204ENST00000505569 1870 ntTSL 1 (best)15.57■□□□□ 0.088e-7■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 GTF3C1-204ENST00000564664 933 ntTSL 511.22□□□□□ -0.619e-10■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 GTF3C1-210ENST00000569394 566 ntTSL 38.12□□□□□ -1.119e-10■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.024e-10■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 GOLGA2-205ENST00000462089 766 ntTSL 310.51□□□□□ -0.734e-10■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.136e-7■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.436e-7■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 DLEU2-201ENST00000235290 1739 ntTSL 5 BASIC13.37□□□□□ -0.276e-7■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 DLEU2-205ENST00000443587 705 ntTSL 5 BASIC12.33□□□□□ -0.446e-7■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 DLEU2-204ENST00000433070 698 ntTSL 1 (best)10.6□□□□□ -0.716e-7■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 DLEU2-207ENST00000458725 1657 ntTSL 210.13□□□□□ -0.796e-7■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 CDAN1-202ENST00000562465 2562 ntTSL 1 (best)16.37■□□□□ 0.219e-9■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 CLUH-208ENST00000574166 585 ntTSL 413.25□□□□□ -0.293e-8■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 METTL17-206ENST00000553564 900 ntTSL 56.82□□□□□ -1.321e-7■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 METTL17-218ENST00000555670 803 ntTSL 56.65□□□□□ -1.341e-7■■■■■ 33.9
SF3B4Q15427 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.864e-7■■■■■ 33.8
SF3B4Q15427 KAT7-209ENST00000509124 564 ntTSL 513.93□□□□□ -0.184e-7■■■■■ 33.8
SF3B4Q15427 TSTA3-208ENST00000528920 964 ntTSL 513.22□□□□□ -0.293e-8■■■■■ 33.8
SF3B4Q15427 WDR77-203ENST00000459665 637 ntTSL 310.66□□□□□ -0.74e-7■■■■■ 33.8
SF3B4Q15427 ASB8-210ENST00000539503 800 ntTSL 510.36□□□□□ -0.754e-7■■■■■ 33.8
SF3B4Q15427 ASB8-216ENST00000545791 570 ntTSL 410.06□□□□□ -0.84e-7■■■■■ 33.8
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