Protein–RNA interactions for Protein: Q9C037

TRIM4, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM4, humanhuman

Predictions only

Length 500 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM4Q9C037 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRIM4Q9C037 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM4Q9C037 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM4Q9C037 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRIM4Q9C037 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC25.27■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
TRIM4Q9C037 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRIM4Q9C037 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRIM4Q9C037 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRIM4Q9C037 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRIM4Q9C037 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRIM4Q9C037 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRIM4Q9C037 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRIM4Q9C037 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRIM4Q9C037 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRIM4Q9C037 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
TRIM4Q9C037 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRIM4Q9C037 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRIM4Q9C037 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRIM4Q9C037 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRIM4Q9C037 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM4Q9C037 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM4Q9C037 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM4Q9C037 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM4Q9C037 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM4Q9C037 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM4Q9C037 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM4Q9C037 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRIM4Q9C037 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
TRIM4Q9C037 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
TRIM4Q9C037 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM4Q9C037 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM4Q9C037 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM4Q9C037 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM4Q9C037 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM4Q9C037 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM4Q9C037 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM4Q9C037 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM4Q9C037 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM4Q9C037 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM4Q9C037 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM4Q9C037 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM4Q9C037 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM4Q9C037 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM4Q9C037 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM4Q9C037 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM4Q9C037 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM4Q9C037 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 90 ms