Protein–RNA interactions for Protein: Q17RY0

CPEB4, Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 729 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPEB4Q17RY0 TMEM225B-201ENST00000429679 482 ntTSL 37.17□□□□□ -1.268e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 PGM2-204ENST00000512556 2050 ntTSL 27.16□□□□□ -1.268e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 PRKCA-202ENST00000413366 8751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.86□□□□□ -1.318e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 LEPR-203ENST00000371058 2805 ntTSL 5 BASIC6.59□□□□□ -1.358e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 CEP85-201ENST00000252992 3935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.54□□□□□ -1.368e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 TOPBP1-207ENST00000509162 811 ntTSL 26.54□□□□□ -1.368e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 FAR1-203ENST00000527202 603 ntTSL 26.52□□□□□ -1.378e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 PDXDC2P-205ENST00000534580 566 ntTSL 46.41□□□□□ -1.388e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 PSMA4-206ENST00000558341 719 ntTSL 5 BASIC6.06□□□□□ -1.448e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 CDCA3-205ENST00000535871 454 ntTSL 56.05□□□□□ -1.448e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 CDCA3-209ENST00000544610 624 ntTSL 36.05□□□□□ -1.448e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 PGM2-203ENST00000510084 511 ntTSL 56.05□□□□□ -1.448e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 PDXDC2P-204ENST00000533264 564 ntTSL 46.01□□□□□ -1.458e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 SLC3A2-214ENST00000539507 534 ntTSL 35.97□□□□□ -1.458e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 LUC7L3-210ENST00000507200 510 ntTSL 45.85□□□□□ -1.478e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 RBM6-207ENST00000434592 2342 ntTSL 25.83□□□□□ -1.488e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 LEPR-205ENST00000371060 5135 ntTSL 1 (best) BASIC5.77□□□□□ -1.498e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 TOPBP1-210ENST00000572787 402 ntTSL 45.46□□□□□ -1.548e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 TOPBP1-201ENST00000260810 5378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.08□□□□□ -1.68e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 LEPR-208ENST00000616738 5081 ntTSL 1 (best) BASIC5.04□□□□□ -1.68e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 ATP13A3-202ENST00000429136 3729 ntTSL 1 (best)4.96□□□□□ -1.628e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 VEZF1-201ENST00000258963 3948 ntTSL 1 (best)4.89□□□□□ -1.638e-7■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 TOPBP1-208ENST00000511439 1142 ntTSL 54.7□□□□□ -1.668e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 PSMA4-202ENST00000413382 1019 ntTSL 1 (best) BASIC4.62□□□□□ -1.678e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 ATP13A3-211ENST00000619199 5227 ntTSL 2 BASIC4.49□□□□□ -1.698e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 ZKSCAN8-201ENST00000330236 7376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.49□□□□□ -1.698e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 PSMA4-201ENST00000044462 4411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.41□□□□□ -1.78e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 ATP13A3-203ENST00000439040 7720 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.55□□□□□ -1.848e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 LEPR-202ENST00000349533 8227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.69□□□□□ -1.988e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 WDR3-201ENST00000349139 9974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.55□□□□□ -28e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 ATP13A3-201ENST00000256031 7322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC1.8□□□□□ -2.128e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 ATP11B-201ENST00000323116 7325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.264e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 VPS13B-206ENST00000496144 5625 ntTSL 57.64□□□□□ -1.194e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 VPS13B-202ENST00000357162 14019 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC6.02□□□□□ -1.454e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 VPS13B-203ENST00000358544 14094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC5.52□□□□□ -1.534e-6■■■■■ 36.9
CPEB4Q17RY0 MYLIP-201ENST00000349606 2796 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.31e-8■■■■■ 36.8
CPEB4Q17RY0 ACTN4-201ENST00000252699 4963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.076e-31■■■■■ 35.8
CPEB4Q17RY0 ACTN4-211ENST00000589528 441 ntTSL 213.6□□□□□ -0.236e-31■■■■■ 35.8
CPEB4Q17RY0 ACTN4-204ENST00000440400 3180 ntTSL 512.19□□□□□ -0.466e-31■■■■■ 35.8
CPEB4Q17RY0 KDM6B-201ENST00000254846 6713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.341e-7■■■■■ 35.6
CPEB4Q17RY0 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.815e-10■■■■■ 34.6
CPEB4Q17RY0 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC18.16■□□□□ 0.55e-10■■■■■ 34.6
CPEB4Q17RY0 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.125e-10■■■■■ 34.6
CPEB4Q17RY0 TAF1-207ENST00000461764 1841 ntTSL 511.31□□□□□ -0.65e-10■■■■■ 34.6
CPEB4Q17RY0 ATP6V1G2-DDX39B-201ENST00000376185 2039 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.79□□□□□ -0.685e-10■■■■■ 34.6
CPEB4Q17RY0 TAF1-218ENST00000485087 1738 ntTSL 510.58□□□□□ -0.725e-10■■■■■ 34.6
CPEB4Q17RY0 TAF1-211ENST00000468167 1767 ntTSL 59.96□□□□□ -0.815e-10■■■■■ 34.6
CPEB4Q17RY0 DDX39B-214ENST00000458640 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.83□□□□□ -0.845e-10■■■■■ 34.6
CPEB4Q17RY0 DDX39B-201ENST00000376177 1529 ntTSL 5 BASIC9.65□□□□□ -0.865e-10■■■■■ 34.6
CPEB4Q17RY0 DDX39B-202ENST00000396172 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.13□□□□□ -0.955e-10■■■■■ 34.6
CPEB4Q17RY0 TAF1-210ENST00000467309 1313 ntTSL 1 (best)8.91□□□□□ -0.985e-10■■■■■ 34.6
CPEB4Q17RY0 TAF1-208ENST00000462588 1826 ntTSL 1 (best)8.76□□□□□ -1.015e-10■■■■■ 34.6
CPEB4Q17RY0 DDX39B-217ENST00000474961 974 ntTSL 28.76□□□□□ -1.015e-10■■■■■ 34.6
CPEB4Q17RY0 TAF1-205ENST00000437147 2295 ntTSL 1 (best)8.5□□□□□ -1.055e-10■■■■■ 34.6
CPEB4Q17RY0 DDX39B-215ENST00000462256 4027 ntTSL 28.41□□□□□ -1.065e-10■■■■■ 34.6
CPEB4Q17RY0 TAF1-202ENST00000373775 2199 ntTSL 58.39□□□□□ -1.075e-10■■■■■ 34.6
CPEB4Q17RY0 DDX39B-216ENST00000462421 618 ntTSL 38.14□□□□□ -1.115e-10■■■■■ 34.6
CPEB4Q17RY0 DDX39B-221ENST00000484566 857 ntTSL 57.55□□□□□ -1.25e-10■■■■■ 34.6
CPEB4Q17RY0 TAF1-204ENST00000423759 7722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC7.41□□□□□ -1.225e-10■■■■■ 34.6
CPEB4Q17RY0 TAF1-203ENST00000373790 7629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.35□□□□□ -1.235e-10■■■■■ 34.6
CPEB4Q17RY0 TAF1-215ENST00000482544 768 ntTSL 37.19□□□□□ -1.265e-10■■■■■ 34.6
CPEB4Q17RY0 SDE2-201ENST00000272091 3975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.18□□□□□ -0.629e-7■■■■■ 34.6
CPEB4Q17RY0 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC25.66■■□□□ 1.77e-7■■■■■ 33.9
CPEB4Q17RY0 EED-210ENST00000534564 2767 ntTSL 23.02□□□□□ -1.934e-14■■■■■ 33.9
CPEB4Q17RY0 MYRF-202ENST00000278836 5927 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.535e-7■■■■■ 33.8
CPEB4Q17RY0 MYRF-201ENST00000265460 5745 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.37□□□□□ -0.595e-7■■■■■ 33.8
CPEB4Q17RY0 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.018e-8■■■■■ 33.3
CPEB4Q17RY0 MBNL1-202ENST00000282488 6458 ntTSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.138e-8■■■■■ 33.3
CPEB4Q17RY0 MBNL1-205ENST00000355460 5941 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.38e-8■■■■■ 33.3
CPEB4Q17RY0 MBNL1-204ENST00000324210 5465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC6□□□□□ -1.458e-8■■■■■ 33.3
CPEB4Q17RY0 MBNL1-203ENST00000324196 5225 ntTSL 5 BASIC5.1□□□□□ -1.598e-8■■■■■ 33.3
CPEB4Q17RY0 MBNL1-224ENST00000545754 5147 ntTSL 5 BASIC4.21□□□□□ -1.748e-8■■■■■ 33.3
CPEB4Q17RY0 MBNL1-211ENST00000463374 5092 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC3.87□□□□□ -1.798e-8■■■■■ 33.3
CPEB4Q17RY0 MBNL1-220ENST00000493459 4205 ntTSL 1 (best) BASIC3.63□□□□□ -1.838e-8■■■■■ 33.3
CPEB4Q17RY0 MBNL1-218ENST00000485910 4257 ntTSL 1 (best) BASIC3.4□□□□□ -1.878e-8■■■■■ 33.3
CPEB4Q17RY0 MBNL1-206ENST00000357472 5256 ntTSL 5 BASIC3.15□□□□□ -1.918e-8■■■■■ 33.3
CPEB4Q17RY0 MBNL1-223ENST00000498502 5258 ntTSL 5 BASIC3.15□□□□□ -1.918e-8■■■■■ 33.3
CPEB4Q17RY0 SRSF4-208ENST00000634348 8128 ntTSL 510.57□□□□□ -0.722e-8■■■■■ 33.2
CPEB4Q17RY0 SRSF5-203ENST00000553521 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.161e-11■■■■■ 32.7
CPEB4Q17RY0 SRSF5-201ENST00000394366 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.431e-11■■■■■ 32.7
CPEB4Q17RY0 SRSF5-215ENST00000556587 1863 ntTSL 1 (best)11.66□□□□□ -0.541e-11■■■■■ 32.7
CPEB4Q17RY0 SRSF5-205ENST00000553635 1412 ntTSL 2 BASIC11.07□□□□□ -0.641e-11■■■■■ 32.7
CPEB4Q17RY0 SRSF5-212ENST00000556184 2443 ntTSL 1 (best)9.46□□□□□ -0.91e-11■■■■■ 32.7
CPEB4Q17RY0 SRSF5-208ENST00000554929 947 ntTSL 29.35□□□□□ -0.911e-11■■■■■ 32.7
CPEB4Q17RY0 SRSF5-217ENST00000557154 1500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.86□□□□□ -0.991e-11■■■■■ 32.7
CPEB4Q17RY0 SRSF5-211ENST00000555547 2057 ntTSL 58.86□□□□□ -0.991e-11■■■■■ 32.7
CPEB4Q17RY0 SRSF5-216ENST00000556647 644 ntTSL 28.5□□□□□ -1.051e-11■■■■■ 32.7
CPEB4Q17RY0 SRSF5-207ENST00000554465 3044 ntTSL 1 (best)7.52□□□□□ -1.211e-11■■■■■ 32.7
CPEB4Q17RY0 ABI2-201ENST00000261016 6634 ntTSL 2 BASIC12.22□□□□□ -0.453e-9■■■■■ 32.3
CPEB4Q17RY0 ABI2-203ENST00000261018 6638 ntTSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.453e-9■■■■■ 32.3
CPEB4Q17RY0 ABI2-202ENST00000261017 6484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.53e-9■■■■■ 32.3
CPEB4Q17RY0 ABI2-223ENST00000464761 596 ntTSL 56.49□□□□□ -1.373e-9■■■■■ 32.3
CPEB4Q17RY0 ABI2-204ENST00000295851 22209 ntTSL 1 (best) BASIC5.25□□□□□ -1.573e-9■■■■■ 32.3
CPEB4Q17RY0 DNAJC19-201ENST00000382564 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.192e-6■■■■■ 32.2
CPEB4Q17RY0 DNAJC19-208ENST00000486355 828 ntTSL 2 BASIC13.77□□□□□ -0.212e-6■■■■■ 32.2
CPEB4Q17RY0 DNAJC19-209ENST00000491873 769 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.222e-6■■■■■ 32.2
CPEB4Q17RY0 DNAJC19-202ENST00000469657 1239 ntTSL 213.62□□□□□ -0.232e-6■■■■■ 32.2
CPEB4Q17RY0 DNAJC19-205ENST00000479269 610 ntTSL 3 BASIC7.89□□□□□ -1.152e-6■■■■■ 32.2
CPEB4Q17RY0 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.42e-12■■■■■ 31.5
CPEB4Q17RY0 HOXB7-203ENST00000567101 528 ntTSL 28.98□□□□□ -0.972e-12■■■■■ 31.5
Retrieved 100 of 1,751 protein–RNA pairs in 304.6 ms