Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 SRSF5-211ENST00000555547 2057 ntTSL 59.94□□□□□ -0.824e-13■■■■■ 65.3
SF3B4Q15427 SRSF5-217ENST00000557154 1500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.08□□□□□ -0.964e-13■■■■■ 65.3
SF3B4Q15427 SRSF5-207ENST00000554465 3044 ntTSL 1 (best)8.2□□□□□ -1.14e-13■■■■■ 65.3
SF3B4Q15427 SRSF5-219ENST00000557460 939 ntTSL 57.75□□□□□ -1.174e-24■■■■■ 65.3
SF3B4Q15427 DENND4B-209ENST00000483561 499 ntTSL 420.9■□□□□ 0.945e-27■■■■■ 65.2
SF3B4Q15427 PPP4C-211ENST00000567642 658 ntTSL 219.13■□□□□ 0.651e-11■■■■■ 65.1
SF3B4Q15427 MAPK6-201ENST00000261845 5345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.22□□□□□ -1.252e-12■■■■■ 64.9
SF3B4Q15427 DYNC1H1-210ENST00000556499 554 ntTSL 36.93□□□□□ -1.32e-12■■■■■ 64.9
SF3B4Q15427 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.615e-14■■■■■ 64.8
SF3B4Q15427 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.25e-14■■■■■ 64.8
SF3B4Q15427 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.195e-14■■■■■ 64.8
SF3B4Q15427 JMJD4-206ENST00000615711 2591 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.085e-14■■■■■ 64.8
SF3B4Q15427 JMJD4-205ENST00000485807 3749 ntTSL 211.44□□□□□ -0.585e-14■■■■■ 64.8
SF3B4Q15427 SNHG1-221ENST00000544983 870 ntTSL 210.66□□□□□ -0.77e-51■■■■■ 64.8
SF3B4Q15427 SNHG1-215ENST00000540904 594 ntTSL 58.35□□□□□ -1.077e-51■■■■■ 64.8
SF3B4Q15427 SRRT-210ENST00000477529 540 ntTSL 212.71□□□□□ -0.372e-12■■■■■ 64.5
SF3B4Q15427 DAGLB-204ENST00000436575 2385 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.326e-8■■■■■ 64.5
SF3B4Q15427 KDELR2-201ENST00000258739 2884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.147e-8■■■■■ 64.5
SF3B4Q15427 KDELR2-203ENST00000454368 2478 ntTSL 29.96□□□□□ -0.827e-8■■■■■ 64.5
SF3B4Q15427 KDELR2-205ENST00000463747 376 ntTSL 59.65□□□□□ -0.867e-8■■■■■ 64.5
SF3B4Q15427 KDELR2-206ENST00000490996 655 ntTSL 1 (best) BASIC6.17□□□□□ -1.427e-8■■■■■ 64.5
SF3B4Q15427 RPS3-220ENST00000534555 387 ntTSL 314.48□□□□□ -0.098e-22■■■■■ 64.1
SF3B4Q15427 RPS3-214ENST00000530164 1878 ntTSL 1 (best) BASIC8.94□□□□□ -0.988e-22■■■■■ 64.1
SF3B4Q15427 SNORD15A-201ENST00000384214 148 ntBASIC6.97□□□□□ -1.298e-22■■■■■ 64.1
SF3B4Q15427 ANK1-207ENST00000518061 892 ntTSL 313.7□□□□□ -0.221e-6■■■■■ 64
SF3B4Q15427 ARFRP1-206ENST00000610774 5178 ntTSL 214.19□□□□□ -0.144e-10■■■■■ 64
SF3B4Q15427 DGAT1-205ENST00000527885 605 ntTSL 312.81□□□□□ -0.361e-9■■■■■ 63.9
SF3B4Q15427 NPLOC4-207ENST00000572346 567 ntTSL 413.47□□□□□ -0.251e-12■■■■■ 63.9
SF3B4Q15427 NPLOC4-218ENST00000574964 572 ntTSL 413.1□□□□□ -0.311e-12■■■■■ 63.9
SF3B4Q15427 NPLOC4-209ENST00000572760 946 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.311e-12■■■■■ 63.9
SF3B4Q15427 NPLOC4-214ENST00000573876 560 ntTSL 4 BASIC11.66□□□□□ -0.541e-12■■■■■ 63.9
SF3B4Q15427 RAD23A-206ENST00000590881 999 ntTSL 512.31□□□□□ -0.441e-8■■■■■ 63.8
SF3B4Q15427 ADGRL1-204ENST00000589616 675 ntTSL 515.03■□□□□ -09e-14■■■■■ 63.6
SF3B4Q15427 ADGRL1-203ENST00000588677 604 ntTSL 312.49□□□□□ -0.419e-14■■■■■ 63.6
SF3B4Q15427 ATN1-204ENST00000541029 855 ntTSL 218.2■□□□□ 0.58e-25■■■■■ 63.5
SF3B4Q15427 ATN1-201ENST00000356654 4351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.388e-25■■■■■ 63.5
SF3B4Q15427 ATN1-202ENST00000396684 4290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.7□□□□□ -0.78e-25■■■■■ 63.5
SF3B4Q15427 GID8-201ENST00000266069 4397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.36□□□□□ -0.917e-13■■■■■ 63.5
SF3B4Q15427 EPG5-203ENST00000586655 537 ntTSL 26.91□□□□□ -1.31e-6■■■■■ 63.4
SF3B4Q15427 FAM20A-202ENST00000375556 2081 ntTSL 215.68■□□□□ 0.12e-18■■■■■ 63.4
SF3B4Q15427 FAM20A-207ENST00000619787 2798 ntTSL 5 BASIC6.69□□□□□ -1.342e-18■■■■■ 63.4
SF3B4Q15427 EP400NL-204ENST00000407361 945 ntTSL 319.59■□□□□ 0.731e-16■■■■■ 63.2
SF3B4Q15427 EP400NL-211ENST00000539205 583 ntTSL 317.73■□□□□ 0.431e-16■■■■■ 63.2
SF3B4Q15427 MXD4-203ENST00000513372 4228 ntTSL 213.85□□□□□ -0.193e-26■■■■■ 63.2
SF3B4Q15427 GABRE-208ENST00000483564 2747 ntTSL 39.57□□□□□ -0.881e-17■■■■■ 63.1
SF3B4Q15427 GABRE-209ENST00000486255 6176 ntTSL 1 (best)8.21□□□□□ -1.091e-17■■■■■ 63.1
SF3B4Q15427 GABRE-204ENST00000462018 650 ntTSL 37.07□□□□□ -1.289e-18■■■■■ 63.1
SF3B4Q15427 GABRE-212ENST00000495862 238 ntTSL 34.27□□□□□ -1.731e-17■■■■■ 63.1
SF3B4Q15427 DGAT1-202ENST00000524844 401 ntTSL 36.89□□□□□ -1.311e-9■■■■■ 63.1
SF3B4Q15427 SLC5A6-215ENST00000476319 842 ntTSL 313.51□□□□□ -0.251e-12■■■■■ 63
SF3B4Q15427 SNORD72-201ENST00000390994 80 ntBASIC1.64□□□□□ -2.154e-43■■■■■ 62.9
SF3B4Q15427 AP3D1-208ENST00000590683 723 ntTSL 57.86□□□□□ -1.156e-8■■■■■ 62.9
SF3B4Q15427 NARS-210ENST00000589314 1036 ntTSL 57.65□□□□□ -1.184e-17■■■■■ 62.9
SF3B4Q15427 FNDC3B-210ENST00000483344 666 ntTSL 34.31□□□□□ -1.722e-34■■■■■ 62.7
SF3B4Q15427 PGD-209ENST00000496718 506 ntTSL 211.29□□□□□ -0.63e-9■■■■■ 62.5
SF3B4Q15427 NPC1-204ENST00000586718 574 ntTSL 37.62□□□□□ -1.193e-9■■■■■ 62.5
SF3B4Q15427 PGD-210ENST00000498356 790 ntTSL 36.14□□□□□ -1.433e-9■■■■■ 62.5
SF3B4Q15427 AC037198.2-201ENST00000478845 733 ntBASIC4.59□□□□□ -1.679e-19■■■■■ 62.5
SF3B4Q15427 CCDC137-205ENST00000574200 437 ntTSL 218.24■□□□□ 0.516e-19■■■■■ 62.3
SF3B4Q15427 HNMT-206ENST00000475675 743 ntTSL 37.78□□□□□ -1.166e-19■■■■■ 62.3
SF3B4Q15427 PLD1-213ENST00000481505 491 ntTSL 47.37□□□□□ -1.236e-19■■■■■ 62.3
SF3B4Q15427 HNMT-203ENST00000329366 835 ntTSL 1 (best) BASIC5.81□□□□□ -1.486e-19■■■■■ 62.3
SF3B4Q15427 HNMT-207ENST00000480534 339 ntTSL 35.76□□□□□ -1.496e-19■■■■■ 62.3
SF3B4Q15427 HNMT-205ENST00000467390 532 ntTSL 24.72□□□□□ -1.656e-19■■■■■ 62.3
SF3B4Q15427 HNMT-202ENST00000280097 3295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.7□□□□□ -1.666e-19■■■■■ 62.3
SF3B4Q15427 HNMT-204ENST00000410115 1150 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.55□□□□□ -1.686e-19■■■■■ 62.3
SF3B4Q15427 HNMT-208ENST00000485653 675 ntTSL 53.09□□□□□ -1.916e-19■■■■■ 62.3
SF3B4Q15427 HGS-211ENST00000573949 461 ntTSL 511.95□□□□□ -0.58e-9■■■■■ 62.3
SF3B4Q15427 KDM4B-205ENST00000588337 504 ntTSL 524.44■■□□□ 1.52e-9■■■■■ 62.3
SF3B4Q15427 SBF1-203ENST00000399627 811 ntTSL 516.36■□□□□ 0.211e-7■■■■■ 62.2
SF3B4Q15427 BCL2L2-205ENST00000557236 631 ntTSL 518.08■□□□□ 0.482e-12■■■■■ 62.2
SF3B4Q15427 BCL2L2-206ENST00000557579 596 ntTSL 313.68□□□□□ -0.222e-12■■■■■ 62.2
SF3B4Q15427 BCL2L2-201ENST00000250405 3605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.352e-12■■■■■ 62.2
SF3B4Q15427 BCL2L2-203ENST00000554635 545 ntTSL 1 (best)12.54□□□□□ -0.42e-12■■■■■ 62.2
SF3B4Q15427 BCL2L2-PABPN1-202ENST00000556100 655 ntTSL 312.21□□□□□ -0.452e-12■■■■■ 62.2
SF3B4Q15427 BCL2L2-202ENST00000553824 548 ntTSL 411.3□□□□□ -0.62e-12■■■■■ 62.2
SF3B4Q15427 RPL3-215ENST00000481985 557 ntTSL 212.42□□□□□ -0.421e-12■■■■■ 62.1
SF3B4Q15427 RPL3-213ENST00000471290 481 ntTSL 29.97□□□□□ -0.811e-12■■■■■ 62.1
SF3B4Q15427 RBM5-203ENST00000404526 580 ntTSL 310.42□□□□□ -0.747e-9■■■■■ 62
SF3B4Q15427 RABGGTA-219ENST00000560871 886 ntTSL 513.95□□□□□ -0.183e-9■■■■■ 61.8
SF3B4Q15427 RABGGTA-218ENST00000560777 1197 ntTSL 5 BASIC10.76□□□□□ -0.693e-9■■■■■ 61.8
SF3B4Q15427 MLXIPL-210ENST00000476404 1921 ntTSL 213.91□□□□□ -0.182e-10■■■■■ 61.8
SF3B4Q15427 PTPRT-210ENST00000617474 4521 ntTSL 514.65□□□□□ -0.066e-14■■■■■ 61.7
SF3B4Q15427 ZDHHC18-204ENST00000488397 1275 ntTSL 212.01□□□□□ -0.496e-14■■■■■ 61.7
SF3B4Q15427 PTPRT-207ENST00000373201 12660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.76□□□□□ -1.016e-14■■■■■ 61.7
SF3B4Q15427 PTPRT-205ENST00000373193 12681 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.69□□□□□ -1.026e-14■■■■■ 61.7
SF3B4Q15427 PTPRT-206ENST00000373198 12746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.61□□□□□ -1.036e-14■■■■■ 61.7
SF3B4Q15427 PTPRT-204ENST00000373190 12559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.26□□□□□ -1.096e-14■■■■■ 61.7
SF3B4Q15427 PTPRT-202ENST00000373184 12483 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.84□□□□□ -1.476e-14■■■■■ 61.7
SF3B4Q15427 PTPRT-201ENST00000356100 12480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.84□□□□□ -1.476e-14■■■■■ 61.7
SF3B4Q15427 PTPRT-203ENST00000373187 12453 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.84□□□□□ -1.476e-14■■■■■ 61.7
SF3B4Q15427 FASTK-206ENST00000465272 457 ntTSL 217.62■□□□□ 0.417e-15■■■■■ 61.6
SF3B4Q15427 NCOR1-201ENST00000268712 10720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.34□□□□□ -1.391e-18■■■■■ 61.5
SF3B4Q15427 COPB1-207ENST00000529866 729 ntTSL 29.64□□□□□ -0.873e-7■■■■■ 61.5
SF3B4Q15427 COPB1-212ENST00000534771 576 ntTSL 41.09□□□□□ -2.233e-7■■■■■ 61.5
SF3B4Q15427 PROC-209ENST00000464089 563 ntTSL 416.12■□□□□ 0.173e-10■■■■■ 61.4
SF3B4Q15427 IVD-208ENST00000497252 565 ntTSL 415.47■□□□□ 0.071e-6■■■■■ 61.3
SF3B4Q15427 IVD-209ENST00000497816 1543 ntTSL 1 (best)13.26□□□□□ -0.291e-6■■■■■ 61.3
SF3B4Q15427 IVD-207ENST00000491554 1148 ntTSL 312.81□□□□□ -0.361e-6■■■■■ 61.3
SF3B4Q15427 IVD-202ENST00000473112 920 ntTSL 512.6□□□□□ -0.391e-6■■■■■ 61.3
Retrieved 100 of 47,349 protein–RNA pairs in 3509.8 ms