Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 DYSF-211ENST00000429174 6739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.132e-7■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 DYSF-207ENST00000409762 6727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.132e-7■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 SEC14L1-206ENST00000561633 603 ntTSL 1 (best)15.69■□□□□ 0.11e-14■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 DYSF-204ENST00000409582 6790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.032e-7■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 DYSF-201ENST00000258104 6796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.032e-7■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 DYSF-210ENST00000413539 6769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.032e-7■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 CTBP1-209ENST00000510568 4250 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.024e-6■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 PQLC3-203ENST00000428481 831 ntTSL 214.71□□□□□ -0.052e-7■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 CTBP1-218ENST00000515690 858 ntTSL 314.69□□□□□ -0.064e-6■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 SNHG20-203ENST00000565256 1234 ntTSL 1 (best)14.06□□□□□ -0.161e-14■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 SEC14L1-209ENST00000564509 806 ntTSL 1 (best)14.03□□□□□ -0.161e-14■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 SEC14L1-211ENST00000569632 377 ntTSL 1 (best)13.08□□□□□ -0.321e-14■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 DYSF-202ENST00000394120 6543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.01□□□□□ -0.332e-7■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 DYSF-206ENST00000409744 6564 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.342e-7■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 DYSF-209ENST00000410041 6594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.342e-7■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 DYSF-203ENST00000409366 6606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.352e-7■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 DYSF-205ENST00000409651 6636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.352e-7■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 DYSF-208ENST00000410020 6657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.372e-7■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 SNHG20-202ENST00000434411 2143 ntTSL 1 (best) BASIC12.24□□□□□ -0.451e-14■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 LIG3-212ENST00000590181 1156 ntTSL 1 (best)11.51□□□□□ -0.571e-14■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 KAT6B-206ENST00000490365 6532 ntTSL 29.08□□□□□ -0.962e-7■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 SEC14L1-208ENST00000564414 528 ntTSL 1 (best)6.42□□□□□ -1.381e-14■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 SEC14L1-210ENST00000568056 424 ntTSL 1 (best)4.21□□□□□ -1.741e-14■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 AC108062.1-201ENST00000505133 637 ntTSL 3 BASIC3.95□□□□□ -1.782e-7■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 MIR202-201ENST00000362219 110 ntBASIC-1.47□□□□□ -2.651e-14■■■■■ 147.1
SF3B1O75533 FAM49B-217ENST00000520254 579 ntTSL 420.78■□□□□ 0.922e-6■■■■■ 147
SF3B1O75533 ZNF577-210ENST00000638827 1856 ntTSL 520.16■□□□□ 0.822e-6■■■■■ 147
SF3B1O75533 FAM49B-216ENST00000520204 699 ntTSL 518■□□□□ 0.472e-6■■■■■ 147
SF3B1O75533 ZNF577-215ENST00000639703 641 ntTSL 316.42■□□□□ 0.222e-6■■■■■ 147
SF3B1O75533 ZNF577-218ENST00000640955 1865 ntTSL 216.27■□□□□ 0.22e-6■■■■■ 147
SF3B1O75533 CTTN-212ENST00000527962 587 ntTSL 217.47■□□□□ 0.392e-6■■■■■ 146.9
SF3B1O75533 CTTN-208ENST00000498223 523 ntTSL 312.31□□□□□ -0.442e-6■■■■■ 146.9
SF3B1O75533 NDUFA2-203ENST00000510680 576 ntTSL 214.4□□□□□ -0.14e-6■■■■■ 146.8
SF3B1O75533 UBE4B-203ENST00000377153 1273 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.114e-6■■■■■ 146.8
SF3B1O75533 ATG7-213ENST00000446450 2042 ntTSL 2 BASIC13.75□□□□□ -0.213e-6■■■■■ 146.7
SF3B1O75533 ATG7-201ENST00000354449 4959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.283e-6■■■■■ 146.7
SF3B1O75533 ATG7-202ENST00000354956 2296 ntTSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.443e-6■■■■■ 146.7
SF3B1O75533 MAD1L1-201ENST00000265854 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.229e-7■■■■■ 146.7
SF3B1O75533 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.663e-6■■■■■ 146.6
SF3B1O75533 NPC1-201ENST00000269228 5157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.142e-6■■■■■ 146.6
SF3B1O75533 NPC1-202ENST00000540608 2790 ntTSL 212.6□□□□□ -0.392e-6■■■■■ 146.6
SF3B1O75533 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.73e-7■■■■■ 146.6
SF3B1O75533 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.623e-7■■■■■ 146.6
SF3B1O75533 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.543e-7■■■■■ 146.6
SF3B1O75533 FOXP1-218ENST00000498215 2400 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.323e-7■■■■■ 146.6
SF3B1O75533 FOXP1-219ENST00000610810 577 ntTSL 516.54■□□□□ 0.243e-7■■■■■ 146.6
SF3B1O75533 FOXP1-222ENST00000615603 7140 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.073e-7■■■■■ 146.6
SF3B1O75533 FOXP1-202ENST00000318789 7114 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.073e-7■■■■■ 146.6
SF3B1O75533 PAPLN-209ENST00000555700 4668 ntTSL 1 (best)12.8□□□□□ -0.367e-6■■■■■ 146.6
SF3B1O75533 PAPLN-211ENST00000559759 2994 ntTSL 212.35□□□□□ -0.437e-6■■■■■ 146.6
SF3B1O75533 FOXP1-209ENST00000475937 4967 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.37□□□□□ -0.753e-7■■■■■ 146.6
SF3B1O75533 PAPLN-210ENST00000557061 3709 ntTSL 1 (best)9.65□□□□□ -0.867e-6■■■■■ 146.6
SF3B1O75533 FOXP1-203ENST00000327590 5685 ntTSL 27.77□□□□□ -1.173e-7■■■■■ 146.6
SF3B1O75533 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.021e-6■■■■■ 146.6
SF3B1O75533 DXO-208ENST00000478221 1132 ntTSL 1 (best)23.73■■□□□ 1.392e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.362e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 DXO-213ENST00000492946 1474 ntTSL 1 (best)23.54■■□□□ 1.362e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 DXO-210ENST00000485557 1878 ntTSL 223.02■■□□□ 1.282e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.232e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.132e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.972e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.962e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.862e-6■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 DXO-204ENST00000460058 737 ntTSL 220.02■□□□□ 0.792e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 DXO-211ENST00000487914 1016 ntTSL 519.6■□□□□ 0.732e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 DXO-206ENST00000474587 1115 ntTSL 519.28■□□□□ 0.682e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.672e-6■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 CSF1-206ENST00000488198 1009 ntTSL 319.13■□□□□ 0.652e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.654e-6■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 DXO-205ENST00000473976 2025 ntTSL 1 (best)19.01■□□□□ 0.632e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 OSBPL5-214ENST00000532951 597 ntTSL 418.86■□□□□ 0.612e-6■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 DXO-215ENST00000498357 1625 ntTSL 1 (best)18.51■□□□□ 0.552e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 DXO-212ENST00000491327 1395 ntTSL 518.13■□□□□ 0.492e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 DXO-209ENST00000480240 1346 ntTSL 518.09■□□□□ 0.492e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 CSF1-207ENST00000525659 551 ntTSL 417.95■□□□□ 0.462e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 DXO-207ENST00000477826 2093 ntTSL 1 (best)17.76■□□□□ 0.432e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.432e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.42e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 LINC02405-201ENST00000512624 1361 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.112e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 PPCDC-208ENST00000567336 892 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.062e-6■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 PPCDC-206ENST00000564923 757 ntTSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.042e-6■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 CSF1-201ENST00000329608 4210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.042e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 BRD1-205ENST00000457780 4997 ntTSL 5 BASIC14.79□□□□□ -0.042e-6■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 MANBA-202ENST00000505239 2577 ntTSL 2 BASIC14.12□□□□□ -0.152e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 C15orf39-202ENST00000394987 4430 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.83□□□□□ -0.22e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 CSF1-208ENST00000526001 573 ntTSL 413.71□□□□□ -0.212e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 PPCDC-201ENST00000342932 2250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.232e-6■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 EPB41L2-204ENST00000392427 3369 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.254e-6■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 BRD1-204ENST00000438393 3051 ntTSL 213.44□□□□□ -0.262e-6■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 EPB41L2-205ENST00000445890 3677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.274e-6■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 BRD1-201ENST00000216267 4614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.292e-6■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 CEP83-207ENST00000547232 2166 ntTSL 1 (best)13□□□□□ -0.332e-6■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 PPCDC-211ENST00000569562 464 ntTSL 312.74□□□□□ -0.372e-6■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 CEP83-201ENST00000339839 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.382e-6■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 MANBA-201ENST00000226578 2904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.52□□□□□ -0.412e-7■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 EPB41L2-203ENST00000368128 4456 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.49□□□□□ -0.414e-6■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 PPP2R1A-205ENST00000462990 2730 ntTSL 2 BASIC12.48□□□□□ -0.412e-6■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 PPCDC-210ENST00000568649 926 ntTSL 5 BASIC12.17□□□□□ -0.462e-6■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 BRD1-202ENST00000404034 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.17□□□□□ -0.462e-6■■■■■ 146.5
SF3B1O75533 CEP83-203ENST00000397809 3773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.472e-6■■■■■ 146.5
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1727.2 ms