Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC24.39■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
ZNF541Q9H0D2 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZNF541Q9H0D2 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms