Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 SNRPG-208ENST00000482975 1093 ntTSL 1 (best) BASIC9.66□□□□□ -0.864e-9■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 SNRPG-204ENST00000438261 515 ntTSL 2 BASIC9.02□□□□□ -0.974e-9■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 SNRPG-205ENST00000449935 428 ntTSL 1 (best) BASIC2.54□□□□□ -24e-9■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 SNRPG-202ENST00000413456 398 ntTSL 3 BASIC2.54□□□□□ -24e-9■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 ZDHHC7-206ENST00000569017 483 ntTSL 410.66□□□□□ -0.73e-9■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 SRRM2-220ENST00000574593 1440 ntTSL 314.38□□□□□ -0.112e-18■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 L3MBTL1-216ENST00000483547 408 ntTSL 511.01□□□□□ -0.652e-12■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 PPP1R12C-203ENST00000586197 472 ntTSL 513.88□□□□□ -0.198e-9■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 ZNF384-205ENST00000417772 1286 ntTSL 519.58■□□□□ 0.722e-16■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 ZNF384-214ENST00000542605 571 ntTSL 418.64■□□□□ 0.572e-16■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 ZNF384-208ENST00000537248 594 ntTSL 216.6■□□□□ 0.252e-16■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 ZNF384-206ENST00000436774 1096 ntTSL 315.94■□□□□ 0.142e-16■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 ZNF384-211ENST00000540915 1140 ntTSL 214.94□□□□□ -0.022e-16■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 ZNF384-202ENST00000355772 2514 ntTSL 1 (best) BASIC13.35□□□□□ -0.272e-16■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 ZNF384-207ENST00000535485 912 ntTSL 312.97□□□□□ -0.332e-16■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 ZNF384-201ENST00000319770 3266 ntTSL 2 BASIC12.78□□□□□ -0.362e-16■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 ZNF384-215ENST00000544482 557 ntTSL 412.08□□□□□ -0.482e-16■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 ZNF384-204ENST00000396801 3008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.512e-16■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 ZNF384-203ENST00000361959 2978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.83□□□□□ -0.682e-16■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 ZNF384-212ENST00000542351 572 ntTSL 48.78□□□□□ -12e-16■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 ZNF384-210ENST00000538829 506 ntTSL 47.04□□□□□ -1.282e-16■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 RPS2-217ENST00000563194 170 ntTSL 52.53□□□□□ -24e-19■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 SNF8-208ENST00000510195 445 ntTSL 224.43■■□□□ 1.52e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 PITPNM1-210ENST00000527527 459 ntTSL 420.84■□□□□ 0.932e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.922e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 SLC6A9-209ENST00000492434 592 ntTSL 320.5■□□□□ 0.872e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 PITPNM1-208ENST00000527103 308 ntTSL 420.2■□□□□ 0.822e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 SLC6A9-210ENST00000528803 524 ntTSL 419.69■□□□□ 0.742e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 SRPK2-211ENST00000482862 329 ntTSL 519.55■□□□□ 0.722e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 NECAB3-221ENST00000607055 554 ntTSL 419.39■□□□□ 0.692e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 SRPK2-212ENST00000482897 715 ntTSL 519.27■□□□□ 0.682e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 MCCC1-212ENST00000497830 2227 ntTSL 1 (best)19.18■□□□□ 0.662e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 LIN9-202ENST00000359525 686 ntTSL 318.89■□□□□ 0.612e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 CCDC84-203ENST00000526463 1295 ntTSL 1 (best)18.84■□□□□ 0.611e-9■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.532e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.522e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 OTULIN-202ENST00000503023 911 ntTSL 518.15■□□□□ 0.52e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 PITPNM1-203ENST00000524901 550 ntTSL 418.1■□□□□ 0.492e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 HNRNPUL1-210ENST00000595806 1659 ntTSL 218.09■□□□□ 0.492e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.472e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.462e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.352e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 MCCC1-211ENST00000495767 1860 ntTSL 217.1■□□□□ 0.332e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 NECAB3-210ENST00000484824 596 ntTSL 217.01■□□□□ 0.312e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 SLC6A9-208ENST00000489764 930 ntTSL 316.95■□□□□ 0.33e-8■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.192e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 IGHMBP2-202ENST00000536803 444 ntTSL 316.01■□□□□ 0.152e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 CCDC84-202ENST00000524670 885 ntTSL 515.93■□□□□ 0.141e-9■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 RHOBTB1-201ENST00000337910 4473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.132e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 OTULIN-206ENST00000514913 420 ntTSL 515.84■□□□□ 0.132e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 MCCC1-205ENST00000476176 1906 ntTSL 215.78■□□□□ 0.122e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 CCDC84-206ENST00000532132 1119 ntTSL 1 (best)15.45■□□□□ 0.061e-9■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 AP3D1-204ENST00000586177 627 ntTSL 515.4■□□□□ 0.062e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 PITPNM1-215ENST00000533391 561 ntTSL 415.26■□□□□ 0.032e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 PER1-208ENST00000579065 1262 ntTSL 515.12■□□□□ 0.012e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 LIN9-203ENST00000366808 3186 ntTSL 1 (best)15.06■□□□□ 02e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 RNF10-219ENST00000543675 583 ntTSL 315.01□□□□□ -0.012e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 FERMT3-205ENST00000541252 714 ntTSL 314.9□□□□□ -0.021e-13■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 LIN9-201ENST00000328205 3567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.042e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC14.78□□□□□ -0.042e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.061e-9■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 HDDC2-210ENST00000609574 607 ntTSL 214.64□□□□□ -0.072e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC14.64□□□□□ -0.072e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 HDDC2-201ENST00000318787 1350 ntTSL 1 (best)14.6□□□□□ -0.072e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 SUN1-207ENST00000419312 473 ntTSL 414.52□□□□□ -0.092e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 CEP170B-202ENST00000414716 6705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.41□□□□□ -0.11e-9■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 NCDN-206ENST00000459931 1041 ntTSL 314.35□□□□□ -0.112e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 TMEM94-223ENST00000581867 649 ntTSL 314.24□□□□□ -0.132e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 CEP170B-203ENST00000453495 6813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.141e-9■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 OTULIN-201ENST00000284274 7800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.142e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 PITPNM1-214ENST00000532703 540 ntTSL 414.07□□□□□ -0.162e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 CEP170B-204ENST00000556508 6683 ntTSL 5 BASIC14.02□□□□□ -0.171e-9■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 NCDN-205ENST00000437806 930 ntTSL 213.19□□□□□ -0.32e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 SRPK2-206ENST00000465112 568 ntTSL 313.15□□□□□ -0.32e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 HDDC2-204ENST00000608295 879 ntTSL 5 BASIC13.06□□□□□ -0.322e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 HDDC2-209ENST00000609477 564 ntTSL 413.03□□□□□ -0.322e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 HDDC2-202ENST00000398153 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.322e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 HDDC2-206ENST00000608461 587 ntTSL 213.03□□□□□ -0.322e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 NCDN-201ENST00000356090 3433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.332e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 SLC6A9-203ENST00000372306 1926 ntTSL 2 BASIC12.99□□□□□ -0.332e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 PITPNM1-211ENST00000528559 584 ntTSL 412.82□□□□□ -0.362e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 AC215219.1-201ENST00000400706 1817 ntBASIC12.81□□□□□ -0.365e-9■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 SLC6A9-207ENST00000475075 1881 ntTSL 2 BASIC12.65□□□□□ -0.382e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 HAUS5-208ENST00000590994 883 ntTSL 512.61□□□□□ -0.392e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 SRPK2-203ENST00000460391 666 ntTSL 212.59□□□□□ -0.392e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 SLC6A9-205ENST00000372310 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.55□□□□□ -0.42e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 NCDN-203ENST00000373253 3677 ntTSL 1 (best) BASIC12.26□□□□□ -0.452e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 NCDN-202ENST00000373243 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.24□□□□□ -0.452e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 AGAP6-203ENST00000618025 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.23□□□□□ -0.452e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 IGHMBP2-212ENST00000568742 540 ntTSL 411.47□□□□□ -0.572e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 SIN3A-202ENST00000394947 6737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.38□□□□□ -0.592e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 SRPK2-204ENST00000462282 505 ntTSL 311.27□□□□□ -0.612e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 CCDC84-209ENST00000580556 562 ntTSL 310.88□□□□□ -0.671e-9■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 EIF3K-207ENST00000588422 507 ntTSL 210.79□□□□□ -0.682e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 MIR6750-201ENST00000617817 75 ntBASIC10.63□□□□□ -0.712e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 EIF3K-205ENST00000586932 667 ntTSL 210.46□□□□□ -0.732e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 CCDC84-210ENST00000583842 551 ntTSL 310.25□□□□□ -0.771e-9■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 SIN3A-201ENST00000360439 5050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10□□□□□ -0.812e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 CCDC84-205ENST00000528088 1482 ntTSL 29.92□□□□□ -0.821e-9■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 EIF3K-204ENST00000586513 493 ntTSL 59.83□□□□□ -0.842e-7■■■■■ 35.3
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