Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN3AQ9NY46 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
SCN3AQ9NY46 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN3AQ9NY46 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN3AQ9NY46 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN3AQ9NY46 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN3AQ9NY46 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SCN3AQ9NY46 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN3AQ9NY46 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN3AQ9NY46 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN3AQ9NY46 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN3AQ9NY46 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN3AQ9NY46 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN3AQ9NY46 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN3AQ9NY46 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN3AQ9NY46 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.6
SCN3AQ9NY46 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN3AQ9NY46 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN3AQ9NY46 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SCN3AQ9NY46 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
SCN3AQ9NY46 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
SCN3AQ9NY46 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SCN3AQ9NY46 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SCN3AQ9NY46 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SCN3AQ9NY46 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
SCN3AQ9NY46 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
SCN3AQ9NY46 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
SCN3AQ9NY46 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SCN3AQ9NY46 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SCN3AQ9NY46 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SCN3AQ9NY46 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SCN3AQ9NY46 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SCN3AQ9NY46 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN3AQ9NY46 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN3AQ9NY46 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN3AQ9NY46 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN3AQ9NY46 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN3AQ9NY46 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN3AQ9NY46 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN3AQ9NY46 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN3AQ9NY46 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN3AQ9NY46 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN3AQ9NY46 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN3AQ9NY46 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SCN3AQ9NY46 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SCN3AQ9NY46 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SCN3AQ9NY46 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SCN3AQ9NY46 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SCN3AQ9NY46 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SCN3AQ9NY46 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC24.89■■□□□ 1.57
SCN3AQ9NY46 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
SCN3AQ9NY46 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SCN3AQ9NY46 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SCN3AQ9NY46 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SCN3AQ9NY46 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SCN3AQ9NY46 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SCN3AQ9NY46 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SCN3AQ9NY46 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SCN3AQ9NY46 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SCN3AQ9NY46 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SCN3AQ9NY46 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SCN3AQ9NY46 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SCN3AQ9NY46 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SCN3AQ9NY46 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SCN3AQ9NY46 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SCN3AQ9NY46 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SCN3AQ9NY46 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SCN3AQ9NY46 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
SCN3AQ9NY46 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
SCN3AQ9NY46 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SCN3AQ9NY46 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN3AQ9NY46 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN3AQ9NY46 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN3AQ9NY46 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN3AQ9NY46 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN3AQ9NY46 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN3AQ9NY46 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN3AQ9NY46 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SCN3AQ9NY46 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SCN3AQ9NY46 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SCN3AQ9NY46 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SCN3AQ9NY46 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SCN3AQ9NY46 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN3AQ9NY46 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN3AQ9NY46 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SCN3AQ9NY46 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN3AQ9NY46 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN3AQ9NY46 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN3AQ9NY46 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SCN3AQ9NY46 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN3AQ9NY46 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN3AQ9NY46 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN3AQ9NY46 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SCN3AQ9NY46 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN3AQ9NY46 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN3AQ9NY46 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN3AQ9NY46 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SCN3AQ9NY46 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SCN3AQ9NY46 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SCN3AQ9NY46 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.1 ms