Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP3Q9Y6I4 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP3Q9Y6I4 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.3 ms