Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.82■■■■■ 4.774e-7■■■■■ 28.3
UPF1Q92900 PPP1CA-204ENST00000526510 1677 ntTSL 1 (best)23.86■■□□□ 1.414e-7■■■■■ 28.3
UPF1Q92900 PPP1CA-208ENST00000532446 1465 ntTSL 523.57■■□□□ 1.364e-7■■■■■ 28.3
UPF1Q92900 PPP1CA-201ENST00000312989 1389 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.924e-7■■■■■ 28.3
UPF1Q92900 RTFDC1-203ENST00000395881 1572 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.584e-8■■■■■ 28.3
UPF1Q92900 RTFDC1-201ENST00000023939 1745 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.214e-8■■■■■ 28.3
UPF1Q92900 RTFDC1-202ENST00000357348 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.014e-8■■■■■ 28.3
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UPF1Q92900 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.421e-6■■■■■ 28.3
UPF1Q92900 CDK2-208ENST00000555408 2598 ntTSL 312.67□□□□□ -0.386e-19■■■■■ 28.3
UPF1Q92900 IST1-213ENST00000538565 1245 ntTSL 215.81■□□□□ 0.128e-9■■■■■ 28.2
UPF1Q92900 SULT2A1-201ENST00000222002 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.116e-10■■■■■ 28.2
UPF1Q92900 COPZ1-202ENST00000455864 880 ntTSL 2 BASIC14.02□□□□□ -0.177e-14■■■■■ 28.2
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UPF1Q92900 SLC35B2-203ENST00000495706 1859 ntTSL 327.65■■■□□ 2.023e-7■■■■■ 28.2
UPF1Q92900 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.983e-7■■■■■ 28.2
UPF1Q92900 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.133e-7■■■■■ 28.2
UPF1Q92900 SLC35B2-206ENST00000615337 2014 ntTSL 4 BASIC18.96■□□□□ 0.633e-7■■■■■ 28.2
UPF1Q92900 SNU13-201ENST00000215956 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.462e-7■■■■■ 28.2
UPF1Q92900 SNU13-203ENST00000401959 1670 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.092e-7■■■■■ 28.2
UPF1Q92900 SNU13-202ENST00000355257 1503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.022e-7■■■■■ 28.2
UPF1Q92900 NKIRAS2-201ENST00000307641 2948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.092e-7■■■■■ 28.2
UPF1Q92900 NKIRAS2-203ENST00000393879 4213 ntTSL 1 (best)10.08□□□□□ -0.82e-7■■■■■ 28.2
UPF1Q92900 SLC25A10-206ENST00000573246 898 ntTSL 319.65■□□□□ 0.742e-14■■■■■ 28.2
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UPF1Q92900 FAM109A-203ENST00000547838 2846 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC15.54■□□□□ 0.082e-7■■■■■ 28.2
UPF1Q92900 FAM109A-201ENST00000361483 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.4□□□□□ -0.262e-7■■■■■ 28.2
UPF1Q92900 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.094e-15■■■■■ 28.1
UPF1Q92900 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.914e-15■■■■■ 28.1
UPF1Q92900 SERPINA4-203ENST00000557004 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.474e-15■■■■■ 28.1
UPF1Q92900 SERPINA5-204ENST00000554220 586 ntTSL 414.76□□□□□ -0.054e-15■■■■■ 28.1
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UPF1Q92900 CYB5B-206ENST00000568237 577 ntTSL 59.57□□□□□ -0.882e-12■■■■■ 28.1
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UPF1Q92900 ETS2-202ENST00000360938 3766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.02□□□□□ -0.645e-7■■■■■ 28.1
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UPF1Q92900 TINAGL1-209ENST00000481165 4759 ntTSL 215.74■□□□□ 0.111e-6■■■■■ 28.1
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UPF1Q92900 NDOR1-202ENST00000371521 2497 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.531e-6■■■■■ 28.1
UPF1Q92900 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC29.4■■■□□ 2.36e-7■■■■■ 28.1
UPF1Q92900 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.096e-7■■■■■ 28.1
UPF1Q92900 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.896e-7■■■■■ 28.1
UPF1Q92900 TRAF7-201ENST00000326181 3700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.066e-7■■■■■ 28
UPF1Q92900 CDK2-201ENST00000266970 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.336e-12■■■■■ 28
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UPF1Q92900 TXNDC15-201ENST00000358387 3548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.74□□□□□ -0.691e-6■■■■■ 28
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UPF1Q92900 PLEKHB2-207ENST00000438882 1460 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.654e-7■■■■■ 28
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UPF1Q92900 PLEKHB2-205ENST00000409279 2488 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.034e-7■■■■■ 28
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UPF1Q92900 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.443e-12■■■■■ 28
UPF1Q92900 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.013e-12■■■■■ 28
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UPF1Q92900 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.953e-12■■■■■ 28
UPF1Q92900 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.793e-12■■■■■ 28
UPF1Q92900 ARFRP1-213ENST00000619493 2456 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19■□□□□ 0.633e-12■■■■■ 28
UPF1Q92900 ARFRP1-206ENST00000610774 5178 ntTSL 214.26□□□□□ -0.133e-12■■■■■ 28
UPF1Q92900 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.377e-9■■■■■ 28
UPF1Q92900 STK40-204ENST00000373132 3621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.217e-9■■■■■ 28
UPF1Q92900 STK40-203ENST00000373130 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.137e-9■■■■■ 28
UPF1Q92900 TMEM86B-203ENST00000589190 1508 ntTSL 227.03■■□□□ 1.925e-6■■■■■ 28
UPF1Q92900 TMEM86B-202ENST00000585416 2034 nt23.08■■□□□ 1.295e-6■■■■■ 28
UPF1Q92900 YEATS2-201ENST00000305135 6506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.42□□□□□ -0.426e-9■■■■■ 28
UPF1Q92900 YEATS2-204ENST00000472593 5737 ntTSL 210.21□□□□□ -0.776e-9■■■■■ 28
UPF1Q92900 NPC1L1-201ENST00000289547 5048 ntTSL 1 (best) BASIC12.57□□□□□ -0.43e-7■■■■■ 27.9
UPF1Q92900 NPC1L1-204ENST00000546276 4826 ntTSL 1 (best) BASIC11.97□□□□□ -0.493e-7■■■■■ 27.9
UPF1Q92900 RFC1-201ENST00000349703 4859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.97□□□□□ -1.134e-8■■■■■ 27.9
UPF1Q92900 RFC1-202ENST00000381897 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.75□□□□□ -1.334e-8■■■■■ 27.9
UPF1Q92900 TBC1D13-202ENST00000372648 3906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.192e-7■■■■■ 27.9
UPF1Q92900 TBC1D13-201ENST00000223865 3378 ntTSL 2 BASIC10.37□□□□□ -0.752e-7■■■■■ 27.9
UPF1Q92900 FLNB-211ENST00000484981 932 ntTSL 513.1□□□□□ -0.314e-11■■■■■ 27.9
UPF1Q92900 ATG13-215ENST00000529655 2566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.022e-9■■■■■ 27.9
UPF1Q92900 LCAT-204ENST00000570980 1240 ntTSL 226.7■■□□□ 1.865e-15■■■■■ 27.9
UPF1Q92900 LCAT-208ENST00000575467 842 ntTSL 526.38■■□□□ 1.815e-15■■■■■ 27.9
UPF1Q92900 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.55e-15■■■■■ 27.9
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