Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 CREBZF-201ENST00000260058 1431 ntTSL 222.54■■□□□ 1.22e-7■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 CREBZF-205ENST00000527529 898 ntTSL 519.16■□□□□ 0.662e-7■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 CREBZF-208ENST00000531515 724 ntTSL 319.08■□□□□ 0.642e-7■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 CREBZF-202ENST00000490820 4329 ntTSL 1 (best)17.63■□□□□ 0.412e-7■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 CREBZF-209ENST00000534224 545 ntTSL 4 BASIC7.69□□□□□ -1.182e-7■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.94■■■■□ 3.827e-10■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.547e-10■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.131e-16■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 DHRS2-203ENST00000432832 834 ntTSL 227.19■■□□□ 1.941e-16■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.541e-16■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.441e-16■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 DHRS2-209ENST00000557535 927 ntTSL 522.71■■□□□ 1.231e-16■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 DHRS2-208ENST00000556729 5318 ntTSL 220.89■□□□□ 0.931e-16■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 DHRS2-204ENST00000553600 844 ntTSL 219.45■□□□□ 0.71e-16■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 DHRS2-207ENST00000556701 3157 ntTSL 1 (best)19.4■□□□□ 0.71e-16■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 DHRS2-206ENST00000556550 2595 nt18.25■□□□□ 0.511e-16■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 MRPL13-201ENST00000306185 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.011e-12■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 MRPL13-202ENST00000518696 1418 ntTSL 1 (best)16.57■□□□□ 0.241e-12■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 MRPL13-203ENST00000518918 633 ntTSL 216.48■□□□□ 0.231e-12■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 MRPL13-204ENST00000520677 500 ntTSL 34.78□□□□□ -1.641e-12■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 TRIM24-202ENST00000415680 3799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.985e-7■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.845e-7■■■□□ 16.4
U2AF1Q01081 SUGP2-202ENST00000337018 3640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.676e-7■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 SUGP2-204ENST00000593795 747 ntTSL 518.27■□□□□ 0.526e-7■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 SUGP2-203ENST00000452918 6176 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.326e-7■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 SUGP2-201ENST00000330854 3629 ntTSL 1 (best)12.64□□□□□ -0.396e-7■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 SUGP2-206ENST00000594773 4169 ntTSL 212.27□□□□□ -0.456e-7■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.466e-15■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.466e-15■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.456e-15■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.66e-15■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.258e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 RBPMS-204ENST00000397323 2941 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.958e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 RBPMS-201ENST00000287771 2974 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.548e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 RBPMS-202ENST00000320203 3110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.488e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 RBM26-204ENST00000449987 3662 ntTSL 312.81□□□□□ -0.363e-6■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 REPIN1-205ENST00000467980 899 ntTSL 335.45■■■■□ 3.271e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC34.84■■■■□ 3.171e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 REPIN1-206ENST00000469309 910 ntTSL 233■■■□□ 2.871e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 REPIN1-215ENST00000495535 672 ntTSL 331.28■■■□□ 2.61e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 REPIN1-219ENST00000522266 480 ntTSL 231.28■■■□□ 2.61e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.41e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 MTMR3-212ENST00000495098 461 ntTSL 429.09■■■□□ 2.251e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.191e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.041e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.011e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 REPIN1-213ENST00000488943 1262 ntTSL 527.03■■□□□ 1.921e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 REPIN1-208ENST00000475514 1192 ntTSL 526.9■■□□□ 1.91e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 REPIN1-207ENST00000473391 1064 ntTSL 226.85■■□□□ 1.891e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 RAP1B-206ENST00000425247 855 ntTSL 526.66■■□□□ 1.861e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.57■■□□□ 1.841e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.741e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.511e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.491e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 REPIN1-216ENST00000518462 621 ntTSL 424.06■■□□□ 1.441e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.411e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.41e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.131e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 RAP1B-210ENST00000463493 781 ntTSL 421.71■■□□□ 1.071e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 REPIN1-218ENST00000519397 583 ntTSL 420.57■□□□□ 0.881e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 MTMR3-207ENST00000445401 665 ntTSL 320.2■□□□□ 0.821e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 REPIN1-209ENST00000479668 3182 ntTSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.761e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 REPIN1-201ENST00000397281 3292 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.761e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 RAP1B-216ENST00000537460 1072 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.521e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 MTMR3-204ENST00000401950 6018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.441e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 REPIN1-211ENST00000486714 824 ntTSL 517.38■□□□□ 0.371e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 MTMR3-201ENST00000323630 5866 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.091e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 MTMR3-203ENST00000351488 4464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.061e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 MTMR3-202ENST00000333027 8906 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.251e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 REPIN1-212ENST00000487455 464 ntTSL 412.43□□□□□ -0.421e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 MTMR3-205ENST00000406629 3758 ntTSL 5 BASIC10.95□□□□□ -0.661e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 RAP1B-230ENST00000543697 734 ntTSL 3 BASIC9.86□□□□□ -0.831e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 MTMR3-206ENST00000415511 604 ntTSL 38.56□□□□□ -1.041e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 RAP1B-201ENST00000250559 13438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.03□□□□□ -1.441e-8■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 USP15-201ENST00000280377 4748 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC7.47□□□□□ -1.212e-6■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 USP15-203ENST00000353364 14950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.75□□□□□ -1.812e-6■■■□□ 16.3
U2AF1Q01081 DCAF6-203ENST00000367843 3302 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.242e-6■■■□□ 16.2
U2AF1Q01081 DCAF6-201ENST00000312263 3186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.232e-6■■■□□ 16.2
U2AF1Q01081 DCAF6-204ENST00000432587 3522 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.22e-6■■■□□ 16.2
U2AF1Q01081 DCAF6-202ENST00000367840 3349 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.692e-6■■■□□ 16.2
U2AF1Q01081 FAR2P1-201ENST00000325390 3679 ntTSL 5 BASIC9.62□□□□□ -0.872e-11■■■□□ 16.2
U2AF1Q01081 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.21e-9■■■□□ 16.2
U2AF1Q01081 SNHG5-201ENST00000369605 1032 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.148e-14■■■□□ 16.2
U2AF1Q01081 SNHG5-203ENST00000420199 1002 ntTSL 320.5■□□□□ 0.878e-14■■■□□ 16.2
U2AF1Q01081 VDAC1-201ENST00000265333 1953 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.691e-9■■■□□ 16.2
U2AF1Q01081 SNHG5-215ENST00000623163 851 ntTSL 519.2■□□□□ 0.668e-14■■■□□ 16.2
U2AF1Q01081 SNHG5-209ENST00000435947 696 ntTSL 218.6■□□□□ 0.578e-14■■■□□ 16.2
U2AF1Q01081 VDAC1-207ENST00000492324 635 ntTSL 218.47■□□□□ 0.551e-9■■■□□ 16.2
U2AF1Q01081 SNHG5-211ENST00000587692 1029 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.358e-14■■■□□ 16.2
U2AF1Q01081 VDAC1-206ENST00000489906 694 ntTSL 216.89■□□□□ 0.291e-9■■■□□ 16.2
U2AF1Q01081 SNHG5-210ENST00000453754 401 ntTSL 316.23■□□□□ 0.198e-14■■■□□ 16.2
U2AF1Q01081 SNHG5-206ENST00000428833 641 ntTSL 216.19■□□□□ 0.188e-14■■■□□ 16.2
U2AF1Q01081 SNHG5-207ENST00000431043 998 ntTSL 215.57■□□□□ 0.088e-14■■■□□ 16.2
U2AF1Q01081 SNHG5-213ENST00000622963 753 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.088e-14■■■□□ 16.2
U2AF1Q01081 SNHG5-212ENST00000589187 568 ntTSL 4 BASIC15.29■□□□□ 0.048e-14■■■□□ 16.2
U2AF1Q01081 VDAC1-202ENST00000395044 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.021e-9■■■□□ 16.2
U2AF1Q01081 SNHG5-202ENST00000414002 430 ntTSL 213.02□□□□□ -0.338e-14■■■□□ 16.2
U2AF1Q01081 SNHG5-220ENST00000624128 672 ntTSL 211.75□□□□□ -0.538e-14■■■□□ 16.2
U2AF1Q01081 SNHG5-218ENST00000623901 711 ntTSL 5 BASIC11.02□□□□□ -0.658e-14■■■□□ 16.2
U2AF1Q01081 SNHG5-217ENST00000623650 886 ntTSL 510.73□□□□□ -0.698e-14■■■□□ 16.2
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 67.5 ms